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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000905

染色体: Chr01 坐标: 19137035-19138987 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000905
名称SmilChr01G000905
描述uncharacterized SmilChr01G000905
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向19137035 - 19138987 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006881
GeneID131006881
locus_tag-
NCBI NameLOC131006881
原始查询LOC131006881

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=35.6; qcov=0.396; evalue=1.41e-08; confidence=low
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006881

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790012.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057790012.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790012.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790012.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057790012.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:19137598 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 47 A10,A16,B118,B119,B129,B136,B140,B19,B29,B32,B33,B38,B39,B41,B45,B48,B49,B57,B59,B63,B71,B75,B78,B82,B9,B99,C1,C13,C14,C26,C27,C34,C40,C45,C54,C60,C61,C62,C72,C74,C84,C9,D10,D5,D7,D8,D9
Chr1:19137611 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B123,B64,C16,C26,C37,C5
Chr1:19137635 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,C80
Chr1:19137639 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,C80
Chr1:19137662 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr1:19137667 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr1:19137672 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B19,B49,C12
Chr1:19137683 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B49,B71,B99
Chr1:19137684 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,C2
Chr1:19137686 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C2,C52
Chr1:19137690 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C9
Chr1:19137690 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934029.1
TTAACAAAAGAAACTAAGAGAAAGAAAGTAATGCAAAATTTAATTAAAAACTGTTGGAATAAATGCTGCCAAACTTAAAAGCCAAATTTGCGCCAAACATAAATTCTGAAACAGTTGAATAGGTTCAAAATTTTGGTGCCAAAAATTTGGCACCAAAAAACAAGATTGTGCCATAAATTACAAATTCCCTCCAAAGGTTCAAAATGCATTAACTCCTATAAATACACTTCATCTTCCCTATCTATGCAGGCCGATCAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006881
ATGGCTAAAGGTATGCATCGATTCTACTTAGCTCCAGGAGAGACAGAGCCTCACAGGACTTGCAAGAGCAAGAAGTTCATCACAAAAGTGATGTTTATGTGTGCGGTATGCATGCCAATCTTTAATGAAGATGGTTCAGTGTTGTTTTATGGAAAAATAGGGATATTCCCTTTCACACATCAATTTCCAGCACAAAGAGGAAGCAAGAACATACCAGCAGGCACATGGGAGACCAAGCCAATACAGTCTGCCACTAAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790012.1
MAKGMHRFYLAPGETEPHRTCKSKKFITKVMFMCAVCMPIFNEDGSVLFYGKIGIFPFTHQFPAQRGSKNIPAGTWETKPIQSATKEVVRDCLVNQIIPAIKAKWPANVSKHIYIQQDNARPHISNSNPIFREAADKDGFHFELVQKPP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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