当前解析结果
SmilChr01G000919| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000919 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000919 |
| 描述 | dirigent protein 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 19419939 - 19420906 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131006897 |
|---|---|
| GeneID | 131006897 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006897 |
| 原始查询 | LOC131006897 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dirigent protein 2-like |
| 产物 | dirigent protein 2-like |
| Arabidopsis | AT5G42500 (AT5G42500)Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834257] identity=55.6; qcov=0.766; evalue=5.87e-55; confidence=high |
| Rice | Os11g0180000- identity=57.6; qcov=0.731; evalue=3.09e-56; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03018 (Dirigent) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006897 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057790028.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057790028.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057790028.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790028.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790028.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:19420052 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C25 |
Chr1:19420058 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B29 |
Chr1:19420071 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A8 |
Chr1:19420118 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B74 |
Chr1:19420180 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D8 |
Chr1:19420325 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A5,B66,C78,C8,D2 |
Chr1:19420490 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,D11 |
Chr1:19420544 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B107,B14,B44,C64,C66 |
Chr1:19420588 |
G |
GAA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 46 | A19,B119,B121,B125,B129,B134,B17,B2,B22,B24,B36,B38,B39,B50,B53,B54,B56,B59,B62,B64,B68,B76,B86,B87,B89,B90,B92,B96,C10,C12,C15,C19,C2,C20,C37,C43,C47,C49,C6,C71,C77,C81,C85,C87,C9,D3 |
Chr1:19420591 |
G |
GGA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 25 | A18,A21,B106,B107,B110,B117,B124,B16,B17,B18,B2,B37,B6,B60,B68,B8,B88,C11,C22,C4,C42,C48,C50,C67,C69 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790028.1PF03018
Dirigent 58-194 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790028.1 |
Pfam | PF03018 |
Dirigent | Family | 58 | 194 | 9.7e-56 | 188.3 | Dirigent-like protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。