Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000957

染色体: Chr01 坐标: 20229260-20230233 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000957
名称SmilChr01G000957
描述calcium permeable stress-gated cation channel 1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向20229260 - 20230233 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006924
GeneID131006924
locus_tag-
NCBI NameLOC131006924
原始查询LOC131006924

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述calcium permeable stress-gated cation channel 1-like
产物calcium permeable stress-gated cation channel 1-like
ArabidopsisAT4G04340 (AT4G04340)
ERD (early-responsive to dehydration stress) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825754]
identity=73.8; qcov=0.545; evalue=1.68e-17; confidence=low
RiceOs01g0534900 (OsOSCA1.1)
-
identity=76.7; qcov=0.558; evalue=2.02e-18; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006924

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057790047.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057790047.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790047.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790047.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790047.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:20229463 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr1:20229750 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B70
Chr1:20229759 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,A22,B96,C34
Chr1:20229760 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,A22,B34,B96,C34
Chr1:20229774 GAA G 2bp_deletion frameshift_variant 8 A10,B11,B126,C27,C41,C44,C49,C71
Chr1:20229779 TGG T 2bp_deletion frameshift_variant 8 A10,B11,B126,C27,C41,C44,C49,C71
Chr1:20229830 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934064.1
GTTCCGGTGACACTGCATGGGCCATCCTAGTGCCTGTCAACTGGACGAATAACACCTTGGCAGTATTATCTCAAGGAGATGATAAGCTAACATATAGCGAGATTGACAAGCTCTCAATTTCAAATGTTCCATATGGATCACCCAGTAATGGCCTATGTCTTTACTTTGTGGACGTGCTATGCATTGATGAAGGAGTATGAAATAATTGCTACAATGCGCTTCCACTTTCTTGCTTCAGAAAAGCGTCGCCCTGATCAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006924
ATGTTCCATATGGATCACCCAGTAATGGCCTATGTCTTTACTTTGTGGACGTGCTATGCATTGATGAAGGAGTATGAAATAATTGCTACAATGCGCTTCCACTTTCTTGCTTCAGAAAAGCGTCGCCCTGATCAATTCACGGCACGGGCTTTTTGTTCAAGATCGATCTTTAACCGGGCAGCACTGAAGAGTAAAGAAGAGTTTGGAATAGAAGGTTTCCATATAAGTCCATGA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790047.1
MFHMDHPVMAYVFTLWTCYALMKEYEIIATMRFHFLASEKRRPDQFTARAFCSRSIFNRAALKSKEEFGIEGFHISP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器