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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001047

染色体: Chr01 坐标: 21757689-21759255 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001047
名称SmilChr01G001047
描述glucan endo-1,3-beta-glucosidase, acidic-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向21757689 - 21759255 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006992
GeneID131006992
locus_tag-
NCBI NameLOC131006992
原始查询LOC131006992

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glucan endo-1,3-beta-glucosidase, acidic-like
产物glucan endo-1%2C3-beta-glucosidase%2C acidic-like
ArabidopsisAT3G57270 (BG1)
beta-1,3-glucanase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824894]
identity=45.1; qcov=0.931; evalue=4.89e-95; confidence=high
RiceOs01g0946500
-
identity=44.7; qcov=0.904; evalue=1.28e-87; confidence=medium
GOGO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG-
PfamPF00332 (Glyco_hydro_17)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006992

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057790125.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057790125.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790125.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790125.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790125.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:21757745 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr1:21758035 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr1:21758072 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr1:21758139 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C3,D8
Chr1:21758153 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C60,C85
Chr1:21758368 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr1:21758447 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr1:21758602 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,C83,C85
Chr1:21758728 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C78
Chr1:21758730 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr1:21758788 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 64 A15,A22,A25,A5,A7,A9,B110,B111,B115,B124,B125,B127,B128,B131,B134,B135,B139,B20,B31,B32,B33,B35,B36,B38,B39,B4,B53,B6,B62,B65,B70,B75,B77,B8,B86,B87,B91,B98,B99,C10,C28,C39,C4,C40,C42,C44,C49,C51,C52,C54,C57,C59,C61,C62,C67,C71,C73,C76,C77,C80,C81,C84,D11,D9
Chr1:21758790 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 64 A15,A22,A25,A5,A7,A9,B110,B111,B115,B124,B125,B127,B128,B131,B134,B135,B139,B20,B31,B32,B33,B35,B36,B38,B39,B4,B53,B6,B62,B65,B70,B75,B77,B8,B86,B87,B91,B98,B99,C10,C28,C39,C4,C40,C42,C44,C49,C51,C52,C54,C57,C59,C61,C62,C67,C71,C73,C76,C77,C80,C81,C84,D11,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790125.1
376 aa
N
1
188
376
Glyco_hydro_17
C
PF00332 Glyco_hydro_17 39-375 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790125.1 Pfam PF00332 Glyco_hydro_17 Domain 39 375 5.7e-88 296.2 Glycosyl hydrolases family 17

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934142.1
GATCACCAAACCTTTATAAAAACACAAAATTTTTAGGAAATTTACTCGTTCATGGCCAACTCTTTTTCTTTCTCCATGGCTACTTGTCGAAAAAACTTGCTATCCACAATCATGATCATGCTAGGGCTGCTCATAACCATCTCTCGTCACTCCACAGTTGCCGAGGTAGGTGTGTGTTATGGGCGTCTAGGATCAAATCTGCCTTGCCCAGAAGCAGTGGTGGCTCTATACAAACAGAACAACATCACAAAAATGCGGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006992
ATGGCCAACTCTTTTTCTTTCTCCATGGCTACTTGTCGAAAAAACTTGCTATCCACAATCATGATCATGCTAGGGCTGCTCATAACCATCTCTCGTCACTCCACAGTTGCCGAGGTAGGTGTGTGTTATGGGCGTCTAGGATCAAATCTGCCTTGCCCAGAAGCAGTGGTGGCTCTATACAAACAGAACAACATCACAAAAATGCGGCTCTACGACCCCGACCCGCCGACGCTCCGAGCCCTTGGCGGCTCCGGCATCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790125.1
MANSFSFSMATCRKNLLSTIMIMLGLLITISRHSTVAEVGVCYGRLGSNLPCPEAVVALYKQNNITKMRLYDPDPPTLRALGGSGIELLVGIPEADLPDLAQCQCHANDWVHAKIASYPNVKFRYIAVGNEVNTSSMYAPLVFPAMQHIYNALCEAGLESHIAVSTSIKTDLLEKSSPPSDGVFKSSVSWYIKPIVEFLRDTNAPLLANVYPYFAYMNDMENINLSFALLQPNSGVVLGCVYYDNLFYAIVDAVYSAMEK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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