Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001051`

染色体: Chr01 坐标: 21851848-21861070 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001051`
名称	SmilChr01G001051
描述	noroxomaritidine synthase-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	21851848 - 21861070 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006996`
GeneID	`131006996`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006996`
原始查询	`LOC131006996`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	noroxomaritidine synthase-like
产物	noroxomaritidine synthase-like
Arabidopsis	`AT2G23180` (CYP96A1) cytochrome P450, family 96, subfamily A, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816850] identity=43; qcov=1.02; evalue=2.04e-136; confidence=medium
Rice	`Os03g0140100` (MAH1) - identity=42.3; qcov=0.988; evalue=1.32e-128; confidence=medium
GO	GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG	-
Pfam	PF00067 (p450)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006996

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057790127.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.80000	`XP_057790127.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057790127.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790127.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790127.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:21856946`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B50
`Chr1:21857033`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C69
`Chr1:21857194`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	44	A1,A14,A21,A24,A4,A5,B100,B11,B122,B132,B133,B136,B21,B27,B30,B31,B34,B45,B47,B52,B56,B58,B68,B80,B81,B93,B94,B96,C12,C29,C31,C32,C33,C36,C42,C47,C5,C52,C58,C65,C68,C80,D1,D2
`Chr1:21857206`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B110,B140,C50
`Chr1:21857241`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B118,B32,C54,C66
`Chr1:21860787`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	A20
`Chr1:21860787`	`G`	`GT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	A20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790127.1

498 aa

249

498

p450

PF00067 p450 27-474 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790127.1`	Pfam	`PF00067`	p450	Domain	27	474	5.1e-37	128.4	Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934144.1
ATGGCCACATACGAGTTTGTGTTGATGATAGCTCCAGTGCTTCTTGTGTGGTACTTTGCAATTAGAAGAGGCAAGAAACCCTCGGAGCCGACGACGTGGCCTGTGCTGGGGATGTTGCCGGCGGTTCTCCTTAATCTCCACCGGGTACACGACTACGCGACGGAGGTCTTAACCGAATGCGGCGGCACGTATAGGGTGGTGGGGCCGCGGATGGACATGCTCTTCACCTCCGCCCCTGCGTGCGACCCCGCCAACATCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006996
ATGGCCACATACGAGTTTGTGTTGATGATAGCTCCAGTGCTTCTTGTGTGGTACTTTGCAATTAGAAGAGGCAAGAAACCCTCGGAGCCGACGACGTGGCCTGTGCTGGGGATGTTGCCGGCGGTTCTCCTTAATCTCCACCGGGTACACGACTACGCGACGGAGGTCTTAACCGAATGCGGCGGCACGTATAGGGTGGTGGGGCCGCGGATGGACATGCTCTTCACCTCCGCCCCTGCGTGCGACCCCGCCAACATCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790127.1
MATYEFVLMIAPVLLVWYFAIRRGKKPSEPTTWPVLGMLPAVLLNLHRVHDYATEVLTECGGTYRVVGPRMDMLFTSAPACDPANIHHVFSRNFSNYSKGPEFHKIFDIFSDDIFRAYFELWEIHRKTTLAQLMHGDFNANLQRNVWHKVDTGLFPVLDHFSGARTDLDLQDIFQRLAFDNICKFVLDYDPCSLRPDLPFLPCEKAFSAVMEALLHRHVFPEWMWKLQKWLNVSDERNLAKAAVAFDDFIYPRIISGVNV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器