Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001070`

染色体: Chr01 坐标: 22099454-22100565 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001070`
名称	SmilChr01G001070
描述	LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase EFR
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	22099454 - 22100565 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007013`
GeneID	`131007013`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007013`
原始查询	`LOC131007013`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase EFR
产物	LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase EFR
Arabidopsis	`AT5G20480` (EFR) EF-TU receptor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832170] identity=34.2; qcov=1.03; evalue=4.34e-47; confidence=low
Rice	`Os11g0695800` (MRKc) - identity=43; qcov=0.853; evalue=1.27e-55; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007013

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057790141.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057790141.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790141.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790141.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057790141.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:22099601`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B137,B15,B21
`Chr1:22099824`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B2
`Chr1:22099824`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B2
`Chr1:22099997`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr1:22100096`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B120,B22,C76
`Chr1:22100096`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B120,B22,C76
`Chr1:22100287`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B139
`Chr1:22100291`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,B29
`Chr1:22100295`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B118,B39,B57,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790141.1

300 aa

150

300

LRRNT_2

LRR_1

PF08263 LRRNT_2 29-70 aa PF00560 LRR_1 101-122 aa PF00560 LRR_1 150-170 aa PF00560 LRR_1 200-221 aa PF00560 LRR_1 224-244 aa PF00560 LRR_1 247-269 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790141.1`	Pfam	`PF08263`	LRRNT_2	Family	29	70	1.7e-11	44.9	Leucine rich repeat N-terminal domain
`XP_057790141.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	101	122	5.3e-21	70.9	Leucine Rich Repeat
`XP_057790141.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	150	170	5.3e-21	70.9	Leucine Rich Repeat
`XP_057790141.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	200	221	5.3e-21	70.9	Leucine Rich Repeat
`XP_057790141.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	224	244	5.3e-21	70.9	Leucine Rich Repeat
`XP_057790141.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	247	269	5.3e-21	70.9	Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934158.1
GCATTAAGAAAACTAAATTGCAGTCCATGGGCATGGGCACCTCTTTGTTAATTTCTTTTAAACTTGTGCTTTTAATTTCAAACATCTTGTCCTCACGGGCATTCGATTTGAGCAGTGATGAAGATGCTCTACTCGCTTTCAAAAATGCCATCACTGTAGACACAAACGGTGTGTTGAGCAAGAGCTGGGTGAGCAACAGTAGTAGTTCCGTGTGTGAGTGGGCGGGCGTGTCGTGCGGCGCCAAACACCGGAGGGTCACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007013
ATGGGCATGGGCACCTCTTTGTTAATTTCTTTTAAACTTGTGCTTTTAATTTCAAACATCTTGTCCTCACGGGCATTCGATTTGAGCAGTGATGAAGATGCTCTACTCGCTTTCAAAAATGCCATCACTGTAGACACAAACGGTGTGTTGAGCAAGAGCTGGGTGAGCAACAGTAGTAGTTCCGTGTGTGAGTGGGCGGGCGTGTCGTGCGGCGCCAAACACCGGAGGGTCACAGCCCTCAATCTCTCTGGGCTGGCGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790141.1
MGMGTSLLISFKLVLLISNILSSRAFDLSSDEDALLAFKNAITVDTNGVLSKSWVSNSSSSVCEWAGVSCGAKHRRVTALNLSGLALWGNLAPHLGNLTFLRSLDVSSNNFSGTLPTQLSKLRRLKGINAAFNNLSGEIPTAIFTNMSALEEIDLRSNKLSGQLPSDICSIDSPKLKRLFLRENQIHGNIPTRVYQCTELEELSLSINQFSGGIPTQIGNLSMLTLLSLYQNHLQGNIPPSIFNISSLESMYLFSNNLSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器