Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001092`

染色体: Chr01 坐标: 22371515-22374194 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001092`
名称	SmilChr01G001092
描述	protein TAB2 homolog, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	22371515 - 22374194 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007029`
GeneID	`131007029`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007029`
原始查询	`LOC131007029`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein TAB2 homolog, chloroplastic-like
产物	protein TAB2 homolog%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT3G08010` (ATAB2) RNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819992] identity=70.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0610800` - identity=72.4; qcov=0.798; evalue=1.23e-160; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF06485 (Tab2-like_N); PF20429 (Tab2-like_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007029

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057790164.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057790164.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057790164.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790164.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790164.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:22373683`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B110
`Chr1:22373782`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B134,B76
`Chr1:22373836`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790164.1

381 aa

190

381

Tab2-like_N

Tab2-like_C

PF06485 Tab2-like_N 99-201 aa PF20429 Tab2-like_C 218-373 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790164.1`	Pfam	`PF06485`	Tab2-like_N	Domain	99	201	3.5e-33	114.4	RNA-binding protein Tab2/Atab2 N terminal
`XP_057790164.1`	Pfam	`PF20429`	Tab2-like_C	Domain	218	373	4.1e-45	154.0	RNA-binding protein Tab2/Atab2, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934181.1
ATGAATACAAAGAAAAGCCAAAGTCTAATTTTATAGGGTATTTGCAAGAGAATCTTGTGGTGGATAACTAATTTAACAACCCTGGAAAACTCCCCACCATTTTCCCTCTCTTATCCCATCCCCTCACAATCAAACTCCCATCATCAATGGCGAGTCTAAGCTTCAATTCCACAAGAATCAAAAACCCCATCACCACCAAAACCAAAATCCCTCTCTCCAAAAAGCAAAATCACCCACCACACATAAAAAATCTCACGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007029
ATGGCGAGTCTAAGCTTCAATTCCACAAGAATCAAAAACCCCATCACCACCAAAACCAAAATCCCTCTCTCCAAAAAGCAAAATCACCCACCACACATAAAAAATCTCACGAAAAAAAACCCCAACTTCCCAACTTGCTTCTCAGTCTCCGGAAGCTCAGTTTCTTCCACGCCATTACAACCTGAAACTGGGAATTCCATCAATGGCGGCTTCGACGAAGACGAAGTAGACGACGACCCCACCTCGGAACTGAGCTATCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790164.1
MASLSFNSTRIKNPITTKTKIPLSKKQNHPPHIKNLTKKNPNFPTCFSVSGSSVSSTPLQPETGNSINGGFDEDEVDDDPTSELSYLDPETDPESITEWEVDFCSRPILDIRGKKTWELVVCDVSLSLQYTKYFPNNVINSVTLKNAIVSICDELGLPLPEKIRFFRSQMQTIITRACSELGIKPIPSKRCLSLVLWLEERYETVYTRHPGFQKGSKPLLALDNPFPMELPENLYGEKWAFVQLPFSAVQEEASSLETRF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器