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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001143`

染色体: Chr01 坐标: 23372046-23376152 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001143`
名称	SmilChr01G001143
描述	zinc finger CCCH domain-containing protein 53-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	23372046 - 23376152 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007063`
GeneID	`131007063`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007063`
原始查询	`LOC131007063`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc finger CCCH domain-containing protein 53-like
产物	zinc finger CCCH domain-containing protein 53-like
Arabidopsis	`AT3G51950` (AT3G51950) Zinc finger (CCCH-type) family protein / RNA recognition motif (RRM)-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824358] identity=40; qcov=1.06; evalue=1.03e-96; confidence=medium
Rice	`Os07g0682400` (OsC3H53) - identity=39.9; qcov=0.939; evalue=3.34e-85; confidence=medium
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0046872 (metal ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00076 (RRM_1); PF00642 (zf-CCCH); PF23182 (PABC_AtC3H46)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007063

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057790191.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057790191.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790191.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790191.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057790191.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:23373247`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A16,B29
`Chr1:23373317`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr1:23373358`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B15,B17,B76,D11
`Chr1:23373669`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B41,C25,C37,C65
`Chr1:23374478`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C43
`Chr1:23374528`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B41,C25,C37,C65
`Chr1:23374883`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B71
`Chr1:23374991`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,C1,C44,C70
`Chr1:23375024`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B30,B62,B76
`Chr1:23375062`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40
`Chr1:23375279`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:23375295`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790191.1

556 aa

278

556

PABC_AtC3H46

zf-CCCH

RRM_1

PF23182 PABC_AtC3H46 1-58 aa PF00642 zf-CCCH 164-184 aa PF00076 RRM_1 267-312 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790191.1`	Pfam	`PF23182`	PABC_AtC3H46	Domain	1	58	5.4e-27	94.5	AtC3H46 PABC domain
`XP_057790191.1`	Pfam	`PF00642`	zf-CCCH	Family	164	184	2.6e-06	27.9	Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar)
`XP_057790191.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	267	312	6.9e-06	26.6	RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XR_009095884.1
ATTCTAGAGAGAGAGTATTGAATAAAGCAAGAGAGAGACAGAGAGAGAAATGAAAGTTTTTACAGTGCCCAAGACAGCAGGTTTGCAGTGCCACCAAAAATTGTGGTTCCAAGTTTTTACACACCCCACCCCACCCCACCCCCCAACCACATTGCCTCATCTTCTCCAACCCCAATCTTTGACCAGACTCTGCAGAAACGAAACTGCCCTGAACTCCCGCCAGCTTAAGTAGAGAGAGAGAGGGAGGGGAAAATGCCTAA...

XR_009095883.1
ATTCTAGAGAGAGAGTATTGAATAAAGCAAGAGAGAGACAGAGAGAGAAATGAAAGTTTTTACAGTGCCCAAGACAGCAGGTTTGCAGTGCCACCAAAAATTGTGGTTCCAAGTTTTTACACACCCCACCCCACCCCACCCCCCAACCACATTGCCTCATCTTCTCCAACCCCAATCTTTGACCAGACTCTGCAGAAACGAAACTGCCCTGAACTCCCGCCAGCTTAAGTAGAGAGAGAGAGGGAGGGGAAAATGCCTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007063
ATGGATAAATCCGAGGCTACCAACATCGTGATGTCGAGGATCCAAGCTTTGGATCCGGAAAACGCTTCCAAAATCATGGGTTACATTCTGATTCAAGACTTGGGCGAGAAGGAGATGATAAGGCTGGCTTTCAGCCCCGACGCTCTGCTGCTCTACCAAGCGAAGGCTGCTCTCGCTTCTCCATACCCTTTCCACTCCAATTCGCCCAGGATCATGATTCCCACCAACAATGCCTTCAATTTCACCGGCCCCTCCTCGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790191.1
MDKSEATNIVMSRIQALDPENASKIMGYILIQDLGEKEMIRLAFSPDALLLYQAKAALASPYPFHSNSPRIMIPTNNAFNFTGPSSPFQRSTPRPIYAAGNDDSFLDDPIISPSGRSDSLVFPYADDVNSPHAFHRRSCSVNDAAFLANLEDGGGGNGNGFLWRPCMYFARGFCKNGGSCKFLHADNASVEAADVGSPGGGFDEMMKMKAFQQQRLAAMASGAHNLFAYNKCMDENLRGDLSPMGLGSAASSSARQIYLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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