当前解析结果
SmilChr01G001174| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001174 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001174 |
| 描述 | dynamin-related protein 5A-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 23798905 - 23802993 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131007095 |
|---|---|
| GeneID | 131007095 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007095 |
| 原始查询 | LOC131007095 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dynamin-related protein 5A-like |
| 产物 | dynamin-related protein 5A-like |
| Arabidopsis | AT1G53140 (DRP5A)Dynamin related protein 5A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841748] identity=72.4; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0748000- identity=70.1; qcov=0.978; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005874 (microtubule); GO:0008017 (microtubule binding); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00350 (Dynamin_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007095 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057790232.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057790232.1 |
| 3 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.20000 | XP_057790232.1 |
| 4 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.20000 | XP_057790232.1 |
| 5 | Vesicle | 囊泡 | 0.20000 | XP_057790233.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:23799101 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B72 |
Chr1:23799186 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B5,B56,B96,C61,D10 |
Chr1:23799806 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B47 |
Chr1:23800420 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B30 |
Chr1:23800512 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A18,B44 |
Chr1:23800630 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B12 |
Chr1:23800640 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B12,B130,B69,C46 |
Chr1:23800734 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 5 | B12,B49,B68,B69,C46 |
Chr1:23800734 |
A |
AG |
1bp_insertion | CDS_variant | 5 | B12,B49,B68,B69,C46 |
Chr1:23801366 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B46,C78,C8 |
Chr1:23802032 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:23802091 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B69 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790232.1PF00350
Dynamin_N 64-244 aa
XP_057790233.1PF00350
Dynamin_N 64-244 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790232.1 |
Pfam | PF00350 |
Dynamin_N | Domain | 64 | 244 | 7.9e-35 | 121.1 | Dynamin family |
XP_057790233.1 |
Pfam | PF00350 |
Dynamin_N | Domain | 64 | 244 | 7.5e-35 | 121.1 | Dynamin family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。