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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001193

染色体: Chr01 坐标: 24068505-24071345 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001193
名称SmilChr01G001193
描述mitochondrial fission 1 protein A-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向24068505 - 24071345 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007108
GeneID131007108
locus_tag-
NCBI NameLOC131007108
原始查询LOC131007108

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitochondrial fission 1 protein A-like
产物mitochondrial fission 1 protein A-like
ArabidopsisAT3G57090 (BIGYIN)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824876]
identity=67.7; qcov=1.01; evalue=1.67e-83; confidence=high
RiceOs05g0383000
-
identity=70.8; qcov=1; evalue=2.09e-84; confidence=high
GOGO:0000266 (mitochondrial fission); GO:0000422 (autophagy of mitochondrion); GO:0005515 (protein binding); GO:0005741 (mitochondrial outer membrane); GO:0005778 (peroxisomal membrane); GO:0016559 (peroxisome fission)
KEGG-
PfamPF14852 (Fis1_TPR_N); PF14853 (Fis1_TPR_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007108

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057790248.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057790248.1
3 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 1.00000 XP_057790248.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790248.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790248.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:24068717 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr1:24070210 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B22
Chr1:24070210 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B22
Chr1:24071165 GAA G 2bp_deletion CDS_variant 1 B71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790248.1
168 aa
N
1
84
168
Fis1_TPR_N
Fis1_TPR_C
C
PF14852 Fis1_TPR_N 51-79 aa PF14853 Fis1_TPR_C 90-142 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790248.1 Pfam PF14852 Fis1_TPR_N Repeat 51 79 1.8e-10 41.0 Fis1 N-terminal tetratricopeptide repeat
XP_057790248.1 Pfam PF14853 Fis1_TPR_C Repeat 90 142 1.1e-22 80.7 Fis1 C-terminal tetratricopeptide repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934265.1
TAAGAGAAGAATTTGCAAGACCGTCAGTCAAACACAGGGAGAATCGGCTTCTAATTCACGCGCCTCCTCAAAAAACCCCTCTCCAAGTTTCATCACATTATAATTGCTTCAAATTTCTTCTCAACACGAAACCTCAAAATGGACAAGAAAATTGGCAAATTCTTCGATTCCGTCGGCAGCCTTTTCACCGGTGGCGACGCGATTCCTTGGTGCGATTCCGATATCGTAGCTGGTTGTGAGCGTGAGGTTGCTGATGCAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007108
ATGGACAAGAAAATTGGCAAATTCTTCGATTCCGTCGGCAGCCTTTTCACCGGTGGCGACGCGATTCCTTGGTGCGATTCCGATATCGTAGCTGGTTGTGAGCGTGAGGTTGCTGATGCAGAAAAAGGTTCTTCTGATAAGCAAAGGAGCGAGTGCATCATGCGCTTGTCTTGGGCTCTGGTTCACTCCAAAAGGCCAGATGATGTACAACGTGGAATATCTATGCTTGAAGTTTCTCTAGCTGGCTCTAACACCCCCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790248.1
MDKKIGKFFDSVGSLFTGGDAIPWCDSDIVAGCEREVADAEKGSSDKQRSECIMRLSWALVHSKRPDDVQRGISMLEVSLAGSNTPLQEREKAYLLAVGYFRNGEYSRSRQLVERCLEIAPDWRQALTLKKAIEDKITKDGVIGIGIAATAVGLVAGGIAAAFSARKK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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