当前解析结果
SmilChr01G001221| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001221 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001221 |
| 描述 | ubiquitin-conjugating enzyme E2 19-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 24480972 - 24483134 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131007128 |
|---|---|
| GeneID | 131007128 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007128 |
| 原始查询 | LOC131007128 |
| 来源 | GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ubiquitin-conjugating enzyme E2 19-like |
| 产物 | ubiquitin-conjugating enzyme E2 19-like |
| Arabidopsis | AT3G20060 (UBC19)ubiquitin-conjugating enzyme19 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821545] identity=86.6; qcov=0.863; evalue=4.4e-103; confidence=high |
| Rice | Os01g0273100 (OsUBC27)- identity=79.6; qcov=0.808; evalue=1.03e-88; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | smil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00179 (UQ_con) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007128 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057790272.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057790272.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057790272.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790272.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790272.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:24481620 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B27,C49,D11 |
Chr1:24481687 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A16,B60 |
Chr1:24481768 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B122,B24,C8,C85,C86 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790272.1PF00179
UQ_con 42-176 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790272.1 |
Pfam | PF00179 |
UQ_con | Domain | 42 | 176 | 1.5e-47 | 161.5 | Ubiquitin-conjugating enzyme |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。