Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001221

染色体: Chr01 坐标: 24480972-24483134 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001221
名称SmilChr01G001221
描述ubiquitin-conjugating enzyme E2 19-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向24480972 - 24483134 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007128
GeneID131007128
locus_tag-
NCBI NameLOC131007128
原始查询LOC131007128

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ubiquitin-conjugating enzyme E2 19-like
产物ubiquitin-conjugating enzyme E2 19-like
ArabidopsisAT3G20060 (UBC19)
ubiquitin-conjugating enzyme19 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821545]
identity=86.6; qcov=0.863; evalue=4.4e-103; confidence=high
RiceOs01g0273100 (OsUBC27)
-
identity=79.6; qcov=0.808; evalue=1.03e-88; confidence=high
GO-
KEGGsmil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00179 (UQ_con)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007128

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790272.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057790272.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057790272.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790272.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790272.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:24481620 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B27,C49,D11
Chr1:24481687 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,B60
Chr1:24481768 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B24,C8,C85,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790272.1
182 aa
N
1
91
182
UQ_con
C
PF00179 UQ_con 42-176 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790272.1 Pfam PF00179 UQ_con Domain 42 176 1.5e-47 161.5 Ubiquitin-conjugating enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934289.1
CAACACACACTTTCTTTTATAAACCCACTGCCTATTTGCCCTTCTCTAATCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCGATCGCGGAAGAAGAATTGACAGATCCCTTATCTCTCACTCTAAACTGTCTCTTCTTCTTCGATCTGCACAGAATCTTGAACTCTGAATCTCGATTCGTCATTCTCTTGAAATTCTATTGTTGAAATCAAACGGTGAAAAGAGGACGCGATGGCCAGTGTTACTAACACCCACCACCAAGACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007128
ATGGCCAGTGTTACTAACACCCACCACCAAGACAGCAACCCTAACACCCCGGTCGCCGCCGCCGCTCCGCCCAAGCAGACTGTTCCCACCGCGAAAACCGTTGATACTCAGTCCGTTTTGAAAAGATTGCAATCCGAGTTAATGGCCCTAATGATGGGAGGTGATTCTGGGATATCCGCATTCCCCGAGGAAGACAACATTTTTTGCTGGAAAGGGACAATCAGTGGCAGCAAAGATACCGTCTTTGAAGGAACAGAATA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790272.1
MASVTNTHHQDSNPNTPVAAAAPPKQTVPTAKTVDTQSVLKRLQSELMALMMGGDSGISAFPEEDNIFCWKGTISGSKDTVFEGTEYKLSLSFPSEYPFKAPKVKFETSCFHPNVDVYGNICLDILQDKWSSAYDVRTILLSIQSLLGEPNISSPLNTQAAALWSNQEEYRKMVEKLYKPMV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器