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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001226`

染色体: Chr01 坐标: 24534961-24536853 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001226`
名称	SmilChr01G001226
描述	uncharacterized SmilChr01G001226
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	24534961 - 24536853 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007132`
GeneID	`131007132`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007132`
原始查询	`LOC131007132`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838724]; symbol=AT1G21280; hit=AT1G21280; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838724]; symbol=AT1G21280; hit=AT1G21280; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT1G21280` (AT1G21280) Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838724] identity=35.3; qcov=0.557; evalue=2.33e-39; confidence=medium
Rice	`Os01g0909600` - identity=25; qcov=0.312; evalue=1.3e-06; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14244 (Retrotran_gag_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007132

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057790275.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057790275.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790275.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790275.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057790275.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:24535635`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C19
`Chr1:24535651`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C19
`Chr1:24535654`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,A8,B140
`Chr1:24535727`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C19
`Chr1:24535849`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C19
`Chr1:24535919`	`AAC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C19
`Chr1:24535919`	`AAC`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C19
`Chr1:24536004`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	17	A1,A2,A24,B109,B137,B27,B42,B43,B53,B57,B76,B87,B97,C40,C45,C55,C61
`Chr1:24536011`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C19
`Chr1:24536082`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C19
`Chr1:24536086`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C19
`Chr1:24536086`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790275.1

397 aa

198

397

Retrotran_gag_3

PF14244 Retrotran_gag_3 30-74 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790275.1`	Pfam	`PF14244`	Retrotran_gag_3	Domain	30	74	5.8e-16	58.8	Gag-polypeptide of LTR copia-type

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934292.1
TTCTCTGCGATATTCTCTTTTCCAACATGGTATCCAGAGCAAATTAAGTCTTCCGCTGTTCTTCTCCAATGGCTCCCGCCACACCTTCAAACACCAAAAACCCTAACCAATTACCTCCTTACGAGGATCCATCCAGTCCTTATTTTCTTCCGATGAGTCATAATCCAGGTGTTCAACTTGTCACGCAACAATTAAACGGATCAAACTACACCAACTGGAATCGCTCCATGATTACTGCTCTTATCGCGAAGAACAAGCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007132
ATGGCTCCCGCCACACCTTCAAACACCAAAAACCCTAACCAATTACCTCCTTACGAGGATCCATCCAGTCCTTATTTTCTTCCGATGAGTCATAATCCAGGTGTTCAACTTGTCACGCAACAATTAAACGGATCAAACTACACCAACTGGAATCGCTCCATGATTACTGCTCTTATCGCGAAGAACAAGCTCGCCTTCATCGATGGATCTATTCCTCGTCCTCACCACACCGATCTGCTCTTCACTCAATGGATGCGCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790275.1
MAPATPSNTKNPNQLPPYEDPSSPYFLPMSHNPGVQLVTQQLNGSNYTNWNRSMITALIAKNKLAFIDGSIPRPHHTDLLFTQWMRCNSMVVSWIRNSVIPDISSSIMYIDDAAHIWNDLKDRFSQGNLARICQLKQQLFTLQQGSDDVGVYFTKLRVLWDEYRDYQPARWCVCDNCRCHSSKKWMEYQMQDCSMQFLIGLNPSFSQIRSQIISTTPLPPLSKIFALVLQEERQRSIDFVPQMSQMAGDTTGSIINSTGY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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