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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001232

染色体: Chr01 坐标: 24762242-24767579 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001232
名称SmilChr01G001232
描述probable magnesium transporter NIPA7
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向24762242 - 24767579 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007138
GeneID131007138
locus_tag-
NCBI NameLOC131007138
原始查询LOC131007138

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable magnesium transporter NIPA7
产物probable magnesium transporter NIPA7
ArabidopsisAT1G34470 (AT1G34470)
magnesium transporter, putative (DUF803) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840349]
identity=61.1; qcov=0.964; evalue=1.83e-132; confidence=high
RiceOs05g0513400
-
identity=66.7; qcov=1.03; evalue=5.84e-154; confidence=high
GOGO:0015095 (magnesium ion transmembrane transporter activity); GO:0015693 (magnesium ion transport); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF05653 (Mg_trans_NIPA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007138

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057790278.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.80000 XP_057790280.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057790279.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790278.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790278.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:24763843 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr1:24763860 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B29,B59,B60,C55
Chr1:24764025 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,C35
Chr1:24764088 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B59,B60,C35,C55
Chr1:24766555 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B30,C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790278.1
355 aa
N
1
178
355
Mg_trans_NIPA
C
PF05653 Mg_trans_NIPA 14-306 aa
XP_057790279.1
350 aa
N
1
175
350
Mg_trans_NIPA
C
PF05653 Mg_trans_NIPA 14-306 aa
XP_057790280.1
336 aa
N
1
168
336
Mg_trans_NIPA
C
PF05653 Mg_trans_NIPA 14-287 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790278.1 Pfam PF05653 Mg_trans_NIPA Family 14 306 3e-125 418.0 Magnesium transporter NIPA
XP_057790279.1 Pfam PF05653 Mg_trans_NIPA Family 14 306 2.8e-125 418.1 Magnesium transporter NIPA
XP_057790280.1 Pfam PF05653 Mg_trans_NIPA Family 14 287 1.2e-105 353.6 Magnesium transporter NIPA

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934295.1
GGGTCGTAATTCGTAAATTATGTTTAAAAAAAGTAAAAAATTGAAGGAATGTACTACTCTAATGATTGAGCAGGATGCGTGAGTGATCTGCCAAAAGCGCTGATGATGGAAGATTTCCATGAAGACGAAGAAGAAGAAAGAATCGAATCTGATTACGCATGCAGTCTCGATTAATGGGGATCATAGGTTTCACTGGGGACAATCTGAAGGGATTCATATTGGCTCTGCTTTCAAGTGCGTTCATTGGTGCAAGCTTTATC...
XM_057934296.1
AAATTATGTTTAAAAAAAGTAAAAAATTGAAGGAATGTACTACTCTAATGATTGAGCAGGATGCGTGAGTGATCTGCCAAAAGCGCTGATGATGGAAGATTTCCATGAAGACGAAGAAGAAGAAAGAATCGAATCTGATTACGCATGCAGTCTCGATTAATGGGGATCATAGGTTTCACTGGGGACAATCTGAAGGGATTCATATTGGCTCTGCTTTCAAGTGCGTTCATTGGTGCAAGCTTTATCATTAAGAAGAAAGG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131007138
ATGCAGTCTCGATTAATGGGGATCATAGGTTTCACTGGGGACAATCTGAAGGGATTCATATTGGCTCTGCTTTCAAGTGCGTTCATTGGTGCAAGCTTTATCATTAAGAAGAAAGGCCTCAGAAGAGCTGCTGCTGCCTCTGGTGTTAGGGCTGTGATAATTGGAGAAATTGCAAACTTTGTGGCATATGCATTTGCCCCTGCAGTGCTTGTGACTCCTCTTGGTGCGTTGAGTATCATCGTGAGTGCTGTATTAGCCTA...
LOC131007138
ATGCAGTCTCGATTAATGGGGATCATAGGTTTCACTGGGGACAATCTGAAGGGATTCATATTGGCTCTGCTTTCAAGTGCGTTCATTGGTGCAAGCTTTATCATTAAGAAGAAAGGCCTCAGAAGAGCTGCTGCTGCCTCTGGTGTTAGGGCTGGTCTTGGGGGGTATGCATATCTCATGGAGCCTCTGTGGTGGCTCGGAATGATCACCATGATAATTGGAGAAATTGCAAACTTTGTGGCATATGCATTTGCCCCTGC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057790278.1
MQSRLMGIIGFTGDNLKGFILALLSSAFIGASFIIKKKGLRRAAAASGVRAGLGGYAYLMEPLWWLGMITMIIGEIANFVAYAFAPAVLVTPLGALSIIVSAVLAYFILNEKLHQLGILGCVMCVVGSIVIVINAPQEQPISSVQEIWSMATEPAFLLYVGSVIILVFILVFYFAPQCGHNNVLIFTGICSLMGSLSVMGVKALGISLKLTFEGNNQLLYPETWFFMFVVAICVIMQMNYLNKALDTFNTAVVSPIYYVL...
XP_057790279.1
MQSRLMGIIGFTGDNLKGFILALLSSAFIGASFIIKKKGLRRAAAASGVRAGLGGYAYLMEPLWWLGMITMIIGEIANFVAYAFAPAVLVTPLGALSIIVSAVLAYFILNEKLHQLGILGCVMCVVGSIVIVINAPQEQPISSVQEIWSMATEPAFLLYVGSVIILVFILVFYFAPQCGHNNVLIFTGICSLMGSLSVMGVKALGISLKLTFEGNNQLLYPETWFFMFVVAICVIMQMNYLNKALDTFNTAVVSPIYYVL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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