当前解析结果
SmilChr01G001232| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001232 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001232 |
| 描述 | probable magnesium transporter NIPA7 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 24762242 - 24767579 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131007138 |
|---|---|
| GeneID | 131007138 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007138 |
| 原始查询 | LOC131007138 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable magnesium transporter NIPA7 |
| 产物 | probable magnesium transporter NIPA7 |
| Arabidopsis | AT1G34470 (AT1G34470)magnesium transporter, putative (DUF803) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840349] identity=61.1; qcov=0.964; evalue=1.83e-132; confidence=high |
| Rice | Os05g0513400- identity=66.7; qcov=1.03; evalue=5.84e-154; confidence=high |
| GO | GO:0015095 (magnesium ion transmembrane transporter activity); GO:0015693 (magnesium ion transport); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05653 (Mg_trans_NIPA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007138 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 0.80000 | XP_057790278.1 |
| 2 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.80000 | XP_057790280.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057790279.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057790278.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790278.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:24763843 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C35 |
Chr1:24763860 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B29,B59,B60,C55 |
Chr1:24764025 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B41,C35 |
Chr1:24764088 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B104,B59,B60,C35,C55 |
Chr1:24766555 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B30,C35 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790278.1PF05653
Mg_trans_NIPA 14-306 aa
XP_057790279.1PF05653
Mg_trans_NIPA 14-306 aa
XP_057790280.1PF05653
Mg_trans_NIPA 14-287 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790278.1 |
Pfam | PF05653 |
Mg_trans_NIPA | Family | 14 | 306 | 3e-125 | 418.0 | Magnesium transporter NIPA |
XP_057790279.1 |
Pfam | PF05653 |
Mg_trans_NIPA | Family | 14 | 306 | 2.8e-125 | 418.1 | Magnesium transporter NIPA |
XP_057790280.1 |
Pfam | PF05653 |
Mg_trans_NIPA | Family | 14 | 287 | 1.2e-105 | 353.6 | Magnesium transporter NIPA |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA3 records
下载 CDS FASTA3 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。