当前解析结果
SmilChr01G000359| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000359 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000359 |
| 描述 | putative UDP-glucose flavonoid 3-O-glucosyltransferase 3 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 7397292 - 7399378 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131007155 |
|---|---|
| GeneID | 131007155 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007155 |
| 原始查询 | LOC131007155 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative UDP-glucose flavonoid 3-O-glucosyltransferase 3 |
| 产物 | putative UDP-glucose flavonoid 3-O-glucosyltransferase 3 |
| Arabidopsis | AT3G21790 (AT3G21790)UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821733] identity=45.7; qcov=1.02; evalue=4.78e-132; confidence=high |
| Rice | Os07g0564100 (OJ1112_E08.105)- identity=37; qcov=1.02; evalue=6.14e-88; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007155 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057790298.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057790298.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057790298.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790298.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790298.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:7397613 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B127 |
Chr1:7397613 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B127 |
Chr1:7398278 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr1:7398308 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:7398330 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C3,C43,D8 |
Chr1:7398401 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:7398503 |
TTG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B130 |
Chr1:7398503 |
TTG |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B130 |
Chr1:7398621 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:7398641 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:7398795 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B103,B31,B92,C25,C35 |
Chr1:7398842 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790298.1PF00201
UDPGT 257-395 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790298.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 257 | 395 | 2.3e-18 | 67.0 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。