Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000025`

染色体: Chr01 坐标: 452475-458120 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000025`
名称	SmilChr01G000025
描述	squamosa promoter-binding-like protein 1
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	452475 - 458120 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007162`
GeneID	`131007162`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007162`
原始查询	`LOC131007162`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	squamosa promoter-binding-like protein 1
产物	squamosa promoter-binding-like protein 1
Arabidopsis	`AT2G47070` (SPL1) squamosa promoter binding protein-like 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819321] identity=51.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0833300` (SPL6) - identity=40.7; qcov=1.03; evalue=0; confidence=medium
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0005634 (nucleus)
KEGG	-
Pfam	PF03110 (SBP); PF26102 (Ig_SPL7)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007162

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057790305.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057790305.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790305.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790305.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057790305.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:452788`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr1:452818`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B71,C48
`Chr1:452922`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B74,C18
`Chr1:452947`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B8,C60
`Chr1:452964`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B35,B83,C29,C35,D6
`Chr1:453090`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A16
`Chr1:453095`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B8,C60
`Chr1:453533`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr1:453597`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B138,B40
`Chr1:453613`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr1:453696`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,B110,B16
`Chr1:454249`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790305.1

971 aa

486

971

SBP

Ig_SPL7

PF03110 SBP 132-205 aa PF26102 Ig_SPL7 544-648 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790305.1`	Pfam	`PF03110`	SBP	Domain	132	205	2.6e-30	105.2	SBP domain
`XP_057790305.1`	Pfam	`PF26102`	Ig_SPL7	Domain	544	648	5.5e-36	123.8	SPL7-like, immunoglobulin-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934322.1
GGCGCAAATAGATAAGTTAGCGGAGAGGGAGAGAGAGAGAAGATAAATCCCATAAACACAAAAACAAAAGAAAATACTCCACTTATAATTGTAAAGAAACAACAAACCAGCACTAAGCTTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCACATTCATTCCATTTCCATCCGCACCTTTCGCCACCGTCCCGCCACCCAACTTGTCTTTACTTTATTCTTCTCTTCCCTTCCCTTCCTCCCTCCGCCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007162
ATGGCGGCCGGAATCGGAGGCCAAGCTCAGCTCTACTACGGAATGTCATCCGCAGCGGTAAGCAAGCGTAGCTTGGAGTGGGATCCCAGCGACTGGAGATGGGACGGCGATCTCTTCATTGCTACACCGCTCAATGGCGCCGCCTCTAATTATCAAGGCAAACAGCTTTTCCCCCTCGACACTCGAGCTTCCTCCAACACTTCTTCCTCCTATTCCGACGAATTGCAGCCAGATACTAGGGATTTGGAGAAGAAGAGGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790305.1
MAAGIGGQAQLYYGMSSAAVSKRSLEWDPSDWRWDGDLFIATPLNGAASNYQGKQLFPLDTRASSNTSSSYSDELQPDTRDLEKKRRANAVDNNNLADNLTLDLGFATTGNGEAIAGKKTKLAGASSNRAVCQVEDCGADLSKAKDYHRRHKVCQMHSKASKALVGNQMQRFCQQCSRFHALLEFDEGKRSCRRRLAGHNKRRRKTQTDNMSNNSPVDNNQTSNYLLMSILKILSSMHSNRSNHRDDQDLLSHLLQGLAS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器