当前解析结果
SmilChr01G000020| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000020 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000020 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase LIP-4-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 382559 - 384884 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131007167 |
|---|---|
| GeneID | 131007167 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007167 |
| 原始查询 | LOC131007167 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase LIP-4-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase LIP-4-like |
| Arabidopsis | AT1G56670 (AT1G56670)GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842122] identity=47.7; qcov=0.994; evalue=2.53e-109; confidence=high |
| Rice | Os01g0329900 (OsGELP14)- identity=48.4; qcov=0.935; evalue=3.51e-108; confidence=high |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007167 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057790316.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057790315.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057790316.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790316.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790316.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:382772 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C27 |
Chr1:382894 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B56,B96 |
Chr1:383086 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B41,D1,D11 |
Chr1:383091 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B11,C41 |
Chr1:383235 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B16 |
Chr1:383447 |
G |
GAT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B103,C29 |
Chr1:383447 |
G |
GAT |
2bp_insertion | CDS_variant | 2 | B103,C29 |
Chr1:383572 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B110,C50 |
Chr1:383572 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B110,C50 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790315.1PF00657
Lipase_GDSL 31-347 aa
XP_057790316.1PF00657
Lipase_GDSL 31-339 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790315.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 31 | 347 | 5.8e-45 | 154.7 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
XP_057790316.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 31 | 339 | 3.8e-43 | 148.8 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。