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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000027

染色体: Chr01 坐标: 537462-541378 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000027
名称SmilChr01G000027
描述pto-interacting protein 1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向537462 - 541378 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007169
GeneID131007169
locus_tag-
NCBI NameLOC131007169
原始查询LOC131007169

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pto-interacting protein 1-like
产物pto-interacting protein 1-like
ArabidopsisAT3G62220 (AT3G62220)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825395]
identity=79.4; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0135800 (RLCK178)
-
identity=81.8; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGGsmil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007169

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057790319.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790319.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790319.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790319.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790319.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:539332 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr1:541158 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C32,C37,C68,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790319.1
361 aa
N
1
180
361
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 69-278 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 71-344 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790319.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 69 278 3.5e-40 138.8 Protein kinase domain
XP_057790319.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 71 344 3e-47 161.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934336.1
GCAAAAGCAAAGCAGTGAGAAGTGTGAAGATTTATTTACTTATGTCGAAAATAGTTGAATAGTAAAAGTCAAAGTCCGGCTGCCTTTCCGGTTGAAATATACAGACACGGGGAATAAAAGTCGTAGATGATGATTCATCCAACGGCCCACAATTAATGAGATCATTATTTTAGTAAAAGCTACTCCGCATTTGTCTTCATCGCCGGCTTCGGATTCTGGATCTTCTCCTTCTTCACCGGCCCCCCAAATCATTCCTCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007169
ATGAGTTGTTTTAGCTGTTGTGGAGATGATGAGATCAATAGAAATGCTGATGGTGGAGGTCCATACCCAATAAAAACCGCAGCTGGCCATGCTGGGAATTATCACACTACTGAAGCCACATCCAAAGATCAAGCTGTGAAAATACAGCCTATCGCAGTTCCGTCAATTCCCGTGGATGAACTCAAGGAAGTTACAAGTAACTTTAGTACAGATTCCTTAATAGGGGAAGGCTCATATGGAAGAGTTTATTACGGAGTTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790319.1
MSCFSCCGDDEINRNADGGGPYPIKTAAGHAGNYHTTEATSKDQAVKIQPIAVPSIPVDELKEVTSNFSTDSLIGEGSYGRVYYGVLTNGRAAAIKKLDASKQPDDEFLAQVSMVSRLKHENFVELLGYSVDGNQRVLAYEFASNGSLHDILHGRKGVKGAQPGPLLSWAQRVKIAVGAAKGLEYLHEKADPHIVHRDIKSSNVLIFDDDVAKIADFDLSNQAPDMAARLHSTRVLGTFGYHAPEYAMTGQLNSKSDVYS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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