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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000032

染色体: Chr01 坐标: 549504-550940 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000032
名称SmilChr01G000032
描述uncharacterized SmilChr01G000032
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向549504 - 550940 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007175
GeneID131007175
locus_tag-
NCBI NameLOC131007175
原始查询LOC131007175

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述OsRPA1; symbol=OsRPA1; hit=Os03g0214100; species=rice; confidence=low
产物OsRPA1; symbol=OsRPA1; hit=Os03g0214100; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT5G08020 (RPA70B)
RPA70-kDa subunit B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830696]
identity=26.2; qcov=0.744; evalue=4.74e-08; confidence=low
RiceOs03g0214100 (OsRPA1)
-
identity=33; qcov=0.683; evalue=3.76e-10; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007175

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790330.1
2 Chromosome 染色体 0.80000 XP_057790330.1
3 Telomere 端粒 0.20000 XP_057790330.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790330.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790330.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:549549 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 4 B137,B21,B56,B96
Chr1:549549 AC A 1bp_deletion CDS_variant 4 B137,B21,B56,B96
Chr1:549568 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C35
Chr1:549596 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B84,C33,C59
Chr1:549721 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 3 A1,B20,C21
Chr1:549721 C CT 1bp_insertion CDS_variant 3 A1,B20,C21
Chr1:549767 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr1:549789 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr1:549798 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B122,B127,B82
Chr1:549804 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B83,C35,D6
Chr1:549815 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B70,B97,C27,C48,D5
Chr1:549847 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934347.1
GCCCCTCCAACAACAAAATTATGTCGTCGATCAATTCAACACAAACAGTAAGAACTTTAGATACAAATCAAAGGTTCTCCTCAATACGATTGAAAGTTTTACGAATTGGACATGAAATAGTTTGTGGAATTAACTTAAGTACAAGGGTGAAGAAATTGATACTTATGGACAACGAGGGTGTCCAAATTGGAGCAATAATGTTCAATGGAGATATAGATAATTTTGTCCGAAAATTTGAGGTGGATAAAACCTATTTAATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007175
ATGTCGTCGATCAATTCAACACAAACAGTAAGAACTTTAGATACAAATCAAAGGTTCTCCTCAATACGATTGAAAGTTTTACGAATTGGACATGAAATAGTTTGTGGAATTAACTTAAGTACAAGGGTGAAGAAATTGATACTTATGGACAACGAGGGTGTCCAAATTGGAGCAATAATGTTCAATGGAGATATAGATAATTTTGTCCGAAAATTTGAGGTGGATAAAACCTATTTAATCTCTAATGGAGAGGTTAGACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790330.1
MSSINSTQTVRTLDTNQRFSSIRLKVLRIGHEIVCGINLSTRVKKLILMDNEGVQIGAIMFNGDIDNFVRKFEVDKTYLISNGEVRQVYGRYPSIHPEKELILKKYTVVTETFDSIDMKIQYNFVEFKDIESKFDKKEDFDVFGTLVRVENSKMVPMKTTSGAH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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