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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000057

染色体: Chr01 坐标: 901436-902026 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000057
名称SmilChr01G000057
描述uncharacterized SmilChr01G000057
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向901436 - 902026 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007203
GeneID131007203
locus_tag-
NCBI NameLOC131007203
原始查询LOC131007203

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0786500; species=rice; confidence=low
产物hit=Os03g0786500; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0786500
-
identity=39.1; qcov=0.343; evalue=8.28e-06; confidence=low
GOGO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF06839 (Zn_ribbon_GRF)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007203

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057790339.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057790339.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057790339.1
4 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057790339.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790339.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:901671 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr1:901784 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr1:901905 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B91,C43,C48
Chr1:901924 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B71
Chr1:901962 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C12,C52
Chr1:901966 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C12,C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790339.1
134 aa
N
1
67
134
Zn_ribbon_GRF
C
PF06839 Zn_ribbon_GRF 4-45 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790339.1 Pfam PF06839 Zn_ribbon_GRF Domain 4 45 2.7e-07 31.3 GRF zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934356.1
TCTAGGGTTTGCAGCGTTTCTTGTCTACACCATGTCTGAGCATCAGTGCAACCATAAGCTCCCTGCTGAAATCAGGACTTCTTGGACCGATGCCAACCCGGCCATGCGATTTTATCGTTGTCCCCTACAAGAAGCTGATTCTTGTTCTTATTTTGAGTTCATCGACCCGAGGCCTACTGAGTTGCAACGGAACTTCATTGCCAAGCTCAAACGCGAAAGAGATCAACTGCAAGACGAGCTTCGTAGGAAAACCTGTGAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007203
ATGTCTGAGCATCAGTGCAACCATAAGCTCCCTGCTGAAATCAGGACTTCTTGGACCGATGCCAACCCGGCCATGCGATTTTATCGTTGTCCCCTACAAGAAGCTGATTCTTGTTCTTATTTTGAGTTCATCGACCCGAGGCCTACTGAGTTGCAACGGAACTTCATTGCCAAGCTCAAACGCGAAAGAGATCAACTGCAAGACGAGCTTCGTAGGAAAACCTGTGAATGTCTTGATTTGAAGGAGGCCGAGGAAAATGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790339.1
MSEHQCNHKLPAEIRTSWTDANPAMRFYRCPLQEADSCSYFEFIDPRPTELQRNFIAKLKRERDQLQDELRRKTCECLDLKEAEENAETYIVEHHEMGEEIVKLKEELTKLKRKCWLRGAVIGLLLGVLVVVHV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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