当前解析结果
SmilChr01G000060| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000060 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000060 |
| 描述 | B3 domain-containing protein REM10-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 957173 - 959307 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131007206 |
|---|---|
| GeneID | 131007206 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007206 |
| 原始查询 | LOC131007206 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | B3 domain-containing protein REM10-like |
| 产物 | B3 domain-containing protein REM10-like |
| Arabidopsis | AT5G66980 (AT5G66980)AP2/B3-like transcriptional factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836832] identity=36.9; qcov=0.433; evalue=6.03e-11; confidence=low |
| Rice | Os01g0723500- identity=36.6; qcov=0.471; evalue=4.02e-14; confidence=low |
| GO | GO:0003677 (DNA binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02362 (B3) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007206 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057790341.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790341.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790341.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057790341.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057790341.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:957457 |
A |
ATC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | C6,D1 |
Chr1:957457 |
A |
ATC |
2bp_insertion | CDS_variant | 2 | C6,D1 |
Chr1:957775 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B11,C27,C41 |
Chr1:958553 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C38 |
Chr1:958791 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B65 |
Chr1:958886 |
CCT |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B108 |
Chr1:958886 |
CCT |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B108 |
Chr1:959032 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B75 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790341.1PF02362
B3 11-100 aa
PF02362
B3 153-229 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790341.1 |
Pfam | PF02362 |
B3 | Domain | 11 | 100 | 2.3e-26 | 92.3 | B3 DNA binding domain |
XP_057790341.1 |
Pfam | PF02362 |
B3 | Domain | 153 | 229 | 2.3e-26 | 92.3 | B3 DNA binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。