Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000062`

染色体: Chr01 坐标: 1043680-1047168 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000062`
名称	SmilChr01G000062
描述	ABC transporter B family member 4-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	1043680 - 1047168 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007207`
GeneID	`131007207`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007207`
原始查询	`LOC131007207`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ABC transporter B family member 4-like
产物	ABC transporter B family member 4-like
Arabidopsis	`AT2G47000` (ABCB4) ATP binding cassette subfamily B4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819314] identity=73.3; qcov=0.982; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0695700` (OsABCB4) - identity=55.2; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005524 (ATP binding); GO:0016020 (membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0055085 (transmembrane transport); GO:0140359 (ABC-type transporter activity)
KEGG	smil02010 (ABC transporters - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00005 (ABC_tran); PF00664 (ABC_membrane)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007207

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057790342.1`
2	Vacuole	液泡	0.60000	`XP_057790342.1`
3	Vacuole membrane	液泡膜	0.40000	`XP_057790342.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057790342.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790342.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:1044943`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C48,C9,D10
`Chr1:1044978`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A16,B29,B82,C87
`Chr1:1045201`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C26
`Chr1:1045201`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C26
`Chr1:1045232`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:1045384`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D1
`Chr1:1045927`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C18
`Chr1:1046431`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A1
`Chr1:1046431`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A1
`Chr1:1046804`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr1:1046811`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C19,C26,C37,D10
`Chr1:1046892`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790342.1

1294 aa

647

1294

ABC_membrane

ABC_tran

ABC_membrane

ABC_tran

PF00664 ABC_membrane 128-340 aa PF00005 ABC_tran 408-556 aa PF00664 ABC_membrane 725-997 aa PF00005 ABC_tran 1066-1215 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790342.1`	Pfam	`PF00664`	ABC_membrane	Family	128	340	2.1e-113	379.3	ABC transporter transmembrane region
`XP_057790342.1`	Pfam	`PF00005`	ABC_tran	Domain	408	556	5.3e-71	238.3	ABC transporter
`XP_057790342.1`	Pfam	`PF00664`	ABC_membrane	Family	725	997	2.1e-113	379.3	ABC transporter transmembrane region
`XP_057790342.1`	Pfam	`PF00005`	ABC_tran	Domain	1066	1215	5.3e-71	238.3	ABC transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934359.1
GTGGCCTCATTTACTGGCGAGAAACGAGCTGTGGCTGAGTACGAAAAGTCCCTCATCAAGGCCTATCATTCAGGTGTACAGGAAGGATGGGCCACAGGGTTAGGTTTTGGATCTGCCATGTTCATTATATTCTGCAGCTATGCTTTGGCTATTTGGTTTGGTGCAAAGATGATATTGGAGAAAGGTTATAGCGGTGGCGAAGTGCTCAATGTGATTATCGCGGTGCTAACTGGTTCAATGTCTCTGGGGCAGGCATCCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007207
GTGGCCTCATTTACTGGCGAGAAACGAGCTGTGGCTGAGTACGAAAAGTCCCTCATCAAGGCCTATCATTCAGGTGTACAGGAAGGATGGGCCACAGGGTTAGGTTTTGGATCTGCCATGTTCATTATATTCTGCAGCTATGCTTTGGCTATTTGGTTTGGTGCAAAGATGATATTGGAGAAAGGTTATAGCGGTGGCGAAGTGCTCAATGTGATTATCGCGGTGCTAACTGGTTCAATGTCTCTGGGGCAGGCATCCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790342.1
MQAESHGNDADGNGSKEIKSEEHAVPFHKLFAFADSFDKLLMIVGSIGAIGNGISLPLMTILFGELVDSFGQNQTDNVVSVVSKVALKFVYLAMGAALRHFCVSTFKFNPCHKIIHSGILNNHIYVVEVSGWMITGERQAARIRSLYLRTILRQDVAFFDKETNTGEVVGRMSGDTVLIQDAMGEKVGKFIQLLATFVGGFVIAFIKGWLLTLVMLSSIPLLVISGGLMSAVLSKMASRGQNAYAKAATVVEQTIGSIRT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器