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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000106

染色体: Chr01 坐标: 1846410-1848742 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000106
名称SmilChr01G000106
描述GDSL esterase/lipase LIP-4-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向1846410 - 1848742 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007238
GeneID131007238
locus_tag-
NCBI NameLOC131007238
原始查询LOC131007238

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDSL esterase/lipase LIP-4-like
产物GDSL esterase/lipase LIP-4-like
ArabidopsisAT1G56670 (AT1G56670)
GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842122]
identity=48; qcov=0.994; evalue=2.24e-110; confidence=high
RiceOs01g0329900 (OsGELP14)
-
identity=48; qcov=0.935; evalue=1.09e-107; confidence=high
GOGO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG-
PfamPF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007238

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057790370.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057790369.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790370.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790370.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790370.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:1846672 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 4 B11,B22,C26,C27
Chr1:1846672 CA C 1bp_deletion CDS_variant 4 B11,B22,C26,C27
Chr1:1846703 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B63,C6
Chr1:1846748 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B110
Chr1:1847818 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 11 A4,B102,B103,B22,B53,B58,B7,B83,C59,C77,C79
Chr1:1848062 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr1:1848183 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B11,C27,C41
Chr1:1848188 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B41,C44,D10,D11
Chr1:1848372 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B96
Chr1:1848411 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790369.1
364 aa
N
1
182
364
Lipase_GDSL
C
PF00657 Lipase_GDSL 31-347 aa
XP_057790370.1
356 aa
N
1
178
356
Lipase_GDSL
C
PF00657 Lipase_GDSL 31-339 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790369.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 31 347 6.3e-45 154.6 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase
XP_057790370.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 31 339 2.6e-43 149.3 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934387.1
ATTAGCATCCCATGGTATATTTTATTAATTCGCCCATTTTTATAAAGAGATAGTATAGTTGCTGCATATATATATAACAAAGTCATTCATCTGATCCATGGTGATGCCTAACAACATCAAGACATGGGTTGTTATTGCAACTACAAGAGATGTGTTTTCTCCCTTATGTTAAGGTTGTGTCTTATTCCTTTGGTTGCATCTAAAGAAGCCGTGATTTTCAACTTGGGCGACTCAAACTCCGACACGGGCGGATTTGCTGC...
XM_057934386.1
CCCATTTTTATAAAGAGATAGTATAGTTGCTGCATATATATATAACAAAGTCATTCATCTGATCCATGGTGATGCCTAACAACATCAAGACATGGGTTGTTATTGCAACTACAAGAGATGTGTTTTCTCCCTTATGTTAAGGTTGTGTCTTATTCCTTTGGTTGCATCTAAAGAAGCCGTGATTTTCAACTTGGGCGACTCAAACTCCGACACGGGCGGATTTGCTGCCGCAAATGGCTTCAACTTCGGATACCCTTACG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131007238
ATGGGTTGTTATTGCAACTACAAGAGATGTGTTTTCTCCCTTATGTTAAGGTTGTGTCTTATTCCTTTGGTTGCATCTAAAGAAGCCGTGATTTTCAACTTGGGCGACTCAAACTCCGACACGGGCGGATTTGCTGCCGCAAATGGCTTCAACTTCGGATACCCTTACGGCCGCGCCTTCTTCCATCAGCCCACGGGTCGACTCTCTGATGGTCGCCTAATCCTCGATTTTCTATGTGAGAATCTGCACACAAGTTATCT...
LOC131007238
ATGGGTTGTTATTGCAACTACAAGAGATGTGTTTTCTCCCTTATGTTAAGGTTGTGTCTTATTCCTTTGGTTGCATCTAAAGAAGCCGTGATTTTCAACTTGGGCGACTCAAACTCCGACACGGGCGGATTTGCTGCCGCAAATGGCTTCAACTTCGGATACCCTTACGGCCGCGCCTTCTTCCATCAGCCCACGGGTCGACTCTCTGATGGTGAGAATCTGCACACAAGTTATCTAAAAGCTTACCTAAACCCACTAGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057790369.1
MGCYCNYKRCVFSLMLRLCLIPLVASKEAVIFNLGDSNSDTGGFAAANGFNFGYPYGRAFFHQPTGRLSDGRLILDFLCENLHTSYLKAYLNPLEPDVSVSKGVNFAVSGSSILPSNALFNLGVQINQFSLFHNRSLQLRSKGRKDVLDKKDFKNAIYIFDIGQNDLTIALTFNPLPYDQVVENIPSFISGIKDAMWAIYKLGGRNFWVHNTGPLGCLPQQLGIRRPNITQVDELGCISILNEAATLFNSNLNHLCQQLR...
XP_057790370.1
MGCYCNYKRCVFSLMLRLCLIPLVASKEAVIFNLGDSNSDTGGFAAANGFNFGYPYGRAFFHQPTGRLSDGENLHTSYLKAYLNPLEPDVSVSKGVNFAVSGSSILPSNALFNLGVQINQFSLFHNRSLQLRSKGRKDVLDKKDFKNAIYIFDIGQNDLTIALTFNPLPYDQVVENIPSFISGIKDAMWAIYKLGGRNFWVHNTGPLGCLPQQLGIRRPNITQVDELGCISILNEAATLFNSNLNHLCQQLRLQMKHSTI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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