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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000111

染色体: Chr01 坐标: 1871608-1880201 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000111
名称SmilChr01G000111
描述gamma-tubulin complex component 2-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向1871608 - 1880201 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007242
GeneID131007242
locus_tag-
NCBI NameLOC131007242
原始查询LOC131007242

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述gamma-tubulin complex component 2-like
产物gamma-tubulin complex component 2-like
ArabidopsisAT5G17410 (AT5G17410)
Spc97 / Spc98 family of spindle pole body (SBP) component [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831607]
identity=72.5; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0501700
-
identity=70.3; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000278 (mitotic cell cycle); GO:0000922 (spindle pole); GO:0000923 (equatorial microtubule organizing center); GO:0005813 (centrosome); GO:0007020 (microtubule nucleation); GO:0008275 (gamma-tubulin small complex); GO:0031122 (cytoplasmic microtubule organization); GO:0043015 (gamma-tubulin binding); GO:0051011 (microtubule minus-end binding); GO:0051225 (spindle assembly); GO:0051321 (meiotic cell cycle)
KEGG-
PfamPF04130 (GCP_C_terminal); PF17681 (GCP_N_terminal)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007242

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057790376.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057790376.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057790376.1
4 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.40000 XP_057790380.1
5 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057790378.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:1871880 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29
Chr1:1871929 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr1:1872119 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr1:1872215 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr1:1873052 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A25,D10
Chr1:1876905 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790376.1
693 aa
N
1
346
693
GCP_N_terminal
GCP_C_terminal
C
PF17681 GCP_N_terminal 60-351 aa PF04130 GCP_C_terminal 354-684 aa
XP_057790377.1
688 aa
N
1
344
688
GCP_N_terminal
GCP_C_terminal
C
PF17681 GCP_N_terminal 55-346 aa PF04130 GCP_C_terminal 349-679 aa
XP_057790378.1
640 aa
N
1
320
640
GCP_N_terminal
GCP_C_terminal
C
PF17681 GCP_N_terminal 7-298 aa PF04130 GCP_C_terminal 301-631 aa
XP_057790379.1
640 aa
N
1
320
640
GCP_N_terminal
GCP_C_terminal
C
PF17681 GCP_N_terminal 7-298 aa PF04130 GCP_C_terminal 301-631 aa
XP_057790380.1
599 aa
N
1
300
599
GCP_N_terminal
GCP_C_terminal
C
PF17681 GCP_N_terminal 2-257 aa PF04130 GCP_C_terminal 260-590 aa
XP_057790381.1
599 aa
N
1
300
599
GCP_N_terminal
GCP_C_terminal
C
PF17681 GCP_N_terminal 2-257 aa PF04130 GCP_C_terminal 260-590 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790376.1 Pfam PF17681 GCP_N_terminal Domain 60 351 2.6e-77 261.0 Gamma tubulin complex component N-terminal
XP_057790376.1 Pfam PF04130 GCP_C_terminal Domain 354 684 2.8e-63 214.9 Gamma tubulin complex component C-terminal
XP_057790377.1 Pfam PF17681 GCP_N_terminal Domain 55 346 2.5e-77 261.1 Gamma tubulin complex component N-terminal
XP_057790377.1 Pfam PF04130 GCP_C_terminal Domain 349 679 2.8e-63 215.0 Gamma tubulin complex component C-terminal
XP_057790378.1 Pfam PF17681 GCP_N_terminal Domain 7 298 2.1e-77 261.3 Gamma tubulin complex component N-terminal
XP_057790378.1 Pfam PF04130 GCP_C_terminal Domain 301 631 2.3e-63 215.2 Gamma tubulin complex component C-terminal
XP_057790379.1 Pfam PF17681 GCP_N_terminal Domain 7 298 2.1e-77 261.3 Gamma tubulin complex component N-terminal
XP_057790379.1 Pfam PF04130 GCP_C_terminal Domain 301 631 2.3e-63 215.2 Gamma tubulin complex component C-terminal
XP_057790380.1 Pfam PF17681 GCP_N_terminal Domain 2 257 8.6e-71 239.6 Gamma tubulin complex component N-terminal
XP_057790380.1 Pfam PF04130 GCP_C_terminal Domain 260 590 9.7e-64 216.5 Gamma tubulin complex component C-terminal
XP_057790381.1 Pfam PF17681 GCP_N_terminal Domain 2 257 8.6e-71 239.6 Gamma tubulin complex component N-terminal
XP_057790381.1 Pfam PF04130 GCP_C_terminal Domain 260 590 9.7e-64 216.5 Gamma tubulin complex component C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934393.1
CAAAATTTTGAATTGAAGAGACAAATCTCTTCTCTCGCCTCTCTTCGTCTCTCTCCTCTCACACTCTTGTCGCCCCCGCTTCCGTCCGGTCGCCTCCGCACTACCGCCACAGGCTGCAACCGCGCCTCCACCCTCAGTCGACGGCCCCTCCCCCGTCCGCAGCCCTCCGTTCGTCTCCGTCCTCAGCAGCAGTTTCCTGCTTTAAGCCCGCCAAGTGCCCTTCCTTCGTCAGTCAGCAGTTGATGGATGAATACCATAAG...
XM_057934394.1
AAAATTTTGAATTGAAGAGACAAATCTCTTCTCTCGCCTCTCTTCGTCTCTCTCCTCTCACACTCTTGTCGCCCCCGCTTCCGTCCGGTCGCCTCCGCACTACCGCCACAGGCTGCAACCGCGCCTCCACCCTCAGTCGACGGCCCCTCCCCCGTCCGCAGCCCTCCGTTCGTCTCCGTCCTCAGCAGCAGTTTCCTGCTTTAAGCCCGCCAAGTGCCCTTCCTTCGTCAGTCAGCAGTTGATGGATGAATACCATAAGC...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131007242
ATGGATGAATACCATAAGCACATGCTGATCGAACCTTCGAAGCAGCCGTTGCGTGCACCAATTGAAGCTTCAAAGCAGCCATCTGTACTTGAAGGATGTAGATCTTCTGGGGTGGACAAACCCATAGGTTGCTTCCATGCTGCAATTCAGGAGTTAATTGTTATTGACGATCTCTTGTCAGCATTGGTTGGGATTGACGGACGTTATATCTCTATCCGTAGAGTACACGGGAAGGATGATACTGTATCCTTTCAAGTTGA...
LOC131007242
ATGGATGAATACCATAAGCACATGCTGATCGAACCTTCGAAGCAGCCGTTGCGTGCACCAATTGAAGCTTCAAAGCAGCCATCTGTACTTGAAGGATGTAGATCTTCTGGGGTGGACAAACCCATAGGTTGCTTCCATGCTGCAATTCAGTTGTGTCTTATGCAGGAGTTAATTGTTATTGACGATCTCTTGTCAGCATTGGTTGGGATTGACGGACGTTATATCTCTATCCGTAGAGTACACGGGAAGGATGATACTGT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057790376.1
MDEYHKHMLIEPSKQPLRAPIEASKQPSVLEGCRSSGVDKPIGCFHAAIQLCLMQELIVIDDLLSALVGIDGRYISIRRVHGKDDTVSFQVDASMDLALQESAKRIFPLCESYLLINQFVESRSQFKSGLVNHAFAAALRTLLLDYQAMVAQLEHQFRLGKLSVQGLWFYCQPMLGSMQALSIVIKKASASNFIGSAVLNLLQSQAKAMAGDHVVRSLLEKMSQSASQAYLGILERWVYEGVIDDPYGEFFIAENKSLQK...
XP_057790377.1
MDEYHKHMLIEPSKQPLRAPIEASKQPSVLEGCRSSGVDKPIGCFHAAIQELIVIDDLLSALVGIDGRYISIRRVHGKDDTVSFQVDASMDLALQESAKRIFPLCESYLLINQFVESRSQFKSGLVNHAFAAALRTLLLDYQAMVAQLEHQFRLGKLSVQGLWFYCQPMLGSMQALSIVIKKASASNFIGSAVLNLLQSQAKAMAGDHVVRSLLEKMSQSASQAYLGILERWVYEGVIDDPYGEFFIAENKSLQKESLIQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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