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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000118

染色体: Chr01 坐标: 2032181-2033181 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000118
名称SmilChr01G000118
描述uncharacterized SmilChr01G000118
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向2032181 - 2033181 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007248
GeneID131007248
locus_tag-
NCBI NameLOC131007248
原始查询LOC131007248

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF26133 (DUF8039)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007248

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790384.1
2 Telomere 端粒 0.40000 XP_057790384.1
3 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057790384.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790384.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790384.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:2032632 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B126,C30
Chr1:2033066 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B126,B70,C62
Chr1:2033100 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790384.1
148 aa
N
1
74
148
DUF8039
C
PF26133 DUF8039 4-58 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790384.1 Pfam PF26133 DUF8039 Domain 4 58 7.2e-11 43.1 Domain of unknown function (DUF8039)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934401.1
AGGTGGTTAAATTACTTGAAGACGGATCCAAAAAACTTGTAGCTTACGGAACGGTCATGGTTGCTGGAGATGTCCTTCACGGATCTCCCTTTCCTAAAGACTGCTTACGTGTGGCGATTGATGAGGTTGTTGATGATAATGCACGATTACCCAAACCTATTTCAGATGACATGGTTACAGTGGGAAATGCATTAGGAACCCATGTAGCATGGCCTACTCATTTGGTGGTGGAGAAATCAATTGAGAAACCTGATAAGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007248
ATGGTTGCTGGAGATGTCCTTCACGGATCTCCCTTTCCTAAAGACTGCTTACGTGTGGCGATTGATGAGGTTGTTGATGATAATGCACGATTACCCAAACCTATTTCAGATGACATGGTTACAGTGGGAAATGCATTAGGAACCCATGTAGCATGGCCTACTCATTTGGTGGTGGAGAAATCAATTGAGAAACCTGATAAGAAGACACGTGGAAAAAAGATTTTGAAAGAGTCCGCGGTGAAGAATTTGTCATCATTGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790384.1
MVAGDVLHGSPFPKDCLRVAIDEVVDDNARLPKPISDDMVTVGNALGTHVAWPTHLVVEKSIEKPDKKTRGKKILKESAVKNLSSLPSSLVALYCMMEKSFAGEGIRLPIDFEMFGQDLKIWILLKDDVIPFCNLEPITGNSIIAYIW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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