Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000124`

染色体: Chr01 坐标: 2062576-2066702 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000124`
名称	SmilChr01G000124
描述	shaggy-related protein kinase alpha
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	2062576 - 2066702 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007251`
GeneID	`131007251`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007251`
原始查询	`LOC131007251`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	shaggy-related protein kinase alpha
产物	shaggy-related protein kinase alpha
Arabidopsis	`AT5G26751` (SK 11) shaggy-related kinase 11 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832733] identity=88.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0252100` (OsSKgamma) - identity=84.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0007165 (signal transduction)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007251

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057790386.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057790386.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.80000	`XP_057790386.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057790386.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790386.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:2062929`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B32

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790386.1

409 aa

204

409

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF00069 Pkinase 74-357 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 76-275 aa

XP_057790387.1

409 aa

204

409

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF00069 Pkinase 74-357 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 76-275 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790386.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	74	357	3.4e-62	210.9	Protein kinase domain
`XP_057790386.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	76	275	2.4e-24	86.7	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057790387.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	74	357	3.4e-62	210.9	Protein kinase domain
`XP_057790387.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	76	275	2.4e-24	86.7	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934403.1
TGAATCAGAAAACGTATAATAAAATGTGAGGAAATGACTGACAAAAGAAATTTTTCGAAAAAGCAAAAGGGTTTGAACGGTCAAAAGCAAAGAAAAGTAATAGCGCAGCACTAGTAATAAAGCAAGTTGATTTCCAATTTCACCCTCCAAATTAAATTAAAAATGATAAAATATTTGATTACTTTATTATATGCTTTCGGGGGCGGAGTCATTTTCGTGTTGACTGACTGACCCCCTCCCATCAAATAGCTGGCTGCCTA...

XM_057934404.1
ATATGCTTTCGGGGGCGGAGTCATTTTCGTGTTGACTGACTGACCCCCTCCCATCAAATAGCTGGCTGCCTATTCGCATTACCTCCATTAAAACAATTTCTGATAATTTCAGGCGAAAAGAGGTGAAAATCGTCGCGGATTTTTTGACGATTTCTGCGGTGGACGAGTTTTTTGTTGATTTGTTTTCTTCGGGCGCGGTTTTGGATCGGTTCTGAGTCAGCTTCTTCAGCTGAGGCGGTATAACTGGTGAGAAAGCCTGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131007251
ATGGCCTCAATTAGTGTAGCTCCTCCGACTGGTGTAAGAGATCCTGGTCGAAAGCCTGGTGGGCTGGATAAGCTGCCAGATGAGATGAATGAGATGAAACTCAGGGACGACAAGGATATGGAACCGGCTGTTGTAGATGGTAATGGAACAGAAACTGGTCACATAATTGTGACCACAATTGGGGGCAGAAATGGCCAACCAAAACAGACAATCAGTTATATGGCTGAGCGTATTGTGGGGCAGGGATCTTTTGGAGTAGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057790386.1
MASISVAPPTGVRDPGRKPGGLDKLPDEMNEMKLRDDKDMEPAVVDGNGTETGHIIVTTIGGRNGQPKQTISYMAERIVGQGSFGVVFQAKCLETGETVAIKKVLQDKRYKNRELQTMRLLDHPNVVSLKHCFFSTTEKDELFLNLVLEYVPETVHRVIRHYNKMSQRMPMIYVKLYAYQIFRALAYIHGSVGVCHRDIKPQNLLVNPHTHQVKLCDFGSAKVLVKGEPNISYICSRYYRAPELIFGATEYTTAIDIWSA...

XP_057790387.1
MASISVAPPTGVRDPGRKPGGLDKLPDEMNEMKLRDDKDMEPAVVDGNGTETGHIIVTTIGGRNGQPKQTISYMAERIVGQGSFGVVFQAKCLETGETVAIKKVLQDKRYKNRELQTMRLLDHPNVVSLKHCFFSTTEKDELFLNLVLEYVPETVHRVIRHYNKMSQRMPMIYVKLYAYQIFRALAYIHGSVGVCHRDIKPQNLLVNPHTHQVKLCDFGSAKVLVKGEPNISYICSRYYRAPELIFGATEYTTAIDIWSA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器