当前解析结果
SmilChr01G000126| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000126 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000126 |
| 描述 | probable protein phosphatase 2C 2 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 2136018 - 2139017 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131007253 |
|---|---|
| GeneID | 131007253 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007253 |
| 原始查询 | LOC131007253 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable protein phosphatase 2C 2 |
| 产物 | probable protein phosphatase 2C 2 |
| Arabidopsis | AT3G62260 (AT3G62260)Protein phosphatase 2C family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825399] identity=70.5; qcov=0.897; evalue=1.93e-164; confidence=high |
| Rice | Os01g0295700 (OsPP2C02)- identity=67.8; qcov=0.954; evalue=4e-161; confidence=high |
| GO | GO:0004722 (protein serine/threonine phosphatase activity); GO:0006470 (protein dephosphorylation); GO:0043169 (cation binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00481 (PP2C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007253 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057790388.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057790388.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057790388.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790388.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790388.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:2137339 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A5,B109 |
Chr1:2137475 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A11,B106 |
Chr1:2138413 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C55 |
Chr1:2138471 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B138,B98 |
Chr1:2138633 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A11,B106 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790388.1PF00481
PP2C 49-301 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790388.1 |
Pfam | PF00481 |
PP2C | Family | 49 | 301 | 2.6e-68 | 231.2 | Protein phosphatase 2C |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。