Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002060`

染色体: Chr01 坐标: 36421133-36422964 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002060`
名称	SmilChr01G002060
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	36421133 - 36422964 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007255`
GeneID	`131007255`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007255`
原始查询	`LOC131007255`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
产物	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
Arabidopsis	`AT4G38180` (FRS5) FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974] identity=32.7; qcov=0.759; evalue=6.59e-76; confidence=low
Rice	`Os12g0225300` - identity=32.6; qcov=0.734; evalue=1.51e-66; confidence=low
GO	GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE); PF21056 (ZSWIM1-3_RNaseH-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007255

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057790393.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057790393.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790393.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790393.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057790393.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:36421148`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:36421176`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A20
`Chr1:36421195`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C81
`Chr1:36421225`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B78,C35
`Chr1:36421232`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,C42
`Chr1:36421271`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B15
`Chr1:36421301`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B26,C26,C43,C52,C56
`Chr1:36421301`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B26,C26,C43,C52,C56
`Chr1:36421355`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B104
`Chr1:36421355`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B104
`Chr1:36421394`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C25
`Chr1:36421397`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790393.1

580 aa

290

580

ZSWIM1-3_RNaseH-like

MULE

SWIM

PF21056 ZSWIM1-3_RNaseH-like 79-190 aa PF10551 MULE 109-201 aa PF04434 SWIM 396-420 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790393.1`	Pfam	`PF21056`	ZSWIM1-3_RNaseH-like	Domain	79	190	9.2e-07	29.6	Zinc finger SWIM domain-containing protein 1/3, RNaseH-like domain
`XP_057790393.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	109	201	1.7e-25	90.0	MULE transposase domain
`XP_057790393.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	396	420	2.7e-05	24.3	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934410.1
ATGGATGAGTCACATCAGTTGATTATGCTGAAGTGTGCCAAGGCCAATATTGGCCCAGTGAGGGCATTTCGTATTTTTAAAGAACTGGTTGGAAGTTTTGAGGAAGTGGGGTGCACCAGCAAGGATTTTAAAAATCTATCTTACACCATGAATTCATACGAGGATGGTGTTGATGCACAACTACTACTTGACAGGTTTCTAAGTAAACGTGAAACTGATGAATGTTTCAAGTGTGAATATTTAGTTGATGAAACACACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007255
ATGGATGAGTCACATCAGTTGATTATGCTGAAGTGTGCCAAGGCCAATATTGGCCCAGTGAGGGCATTTCGTATTTTTAAAGAACTGGTTGGAAGTTTTGAGGAAGTGGGGTGCACCAGCAAGGATTTTAAAAATCTATCTTACACCATGAATTCATACGAGGATGGTGTTGATGCACAACTACTACTTGACAGGTTTCTAAGTAAACGTGAAACTGATGAATGTTTCAAGTGTGAATATTTAGTTGATGAAACACACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790393.1
MDESHQLIMLKCAKANIGPVRAFRIFKELVGSFEEVGCTSKDFKNLSYTMNSYEDGVDAQLLLDRFLSKRETDECFKCEYLVDETHKVKSLFWSDAVAVQNYSIFGDAVSFDATYTTNRYDMIFAPFTGKDNHGGCVTFGAGLLTREDVSSYSWILKQFIECMGTAPAMIITDQDPALKIVVENVMPNTRHRFCMWHIMMKLAQKLPNSLREDAELKSEIHSVVWSELDEPSDFERKWTEVLDQYELTDNTWLADMFSLR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器