Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000141`

染色体: Chr01 坐标: 2395145-2403224 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000141`
名称	SmilChr01G000141
描述	transcription factor EMB1444-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	2395145 - 2403224 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007265`
GeneID	`131007265`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007265`
原始查询	`LOC131007265`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor EMB1444-like
产物	transcription factor EMB1444-like
Arabidopsis	`AT1G06150` (EMB1444) basic helix loop helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6241227] identity=40; qcov=1.04; evalue=9.75e-136; confidence=medium
Rice	`Os01g0865600` (OsbHLH149) - identity=38.1; qcov=0.532; evalue=3.25e-56; confidence=medium
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG	-
Pfam	PF14215 (bHLH-MYC_N); PF23176 (bHLH_LHW)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007265

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057790402.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790402.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790402.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057790402.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057790402.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:2399473`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A1,B83
`Chr1:2399878`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B112,B59,B79,B95
`Chr1:2399967`	`A`	`AAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	7	B113,B130,B31,B47,B97,C27,C77
`Chr1:2399971`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A8,B23,C20,C43
`Chr1:2400186`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B67,C33
`Chr1:2400584`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B128,C44,C76,C84
`Chr1:2400869`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A20,B113,B47,B97
`Chr1:2401064`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102
`Chr1:2401334`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102
`Chr1:2403195`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B83
`Chr1:2403195`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790402.1

695 aa

348

695

bHLH-MYC_N

bHLH_LHW

PF14215 bHLH-MYC_N 5-160 aa PF23176 bHLH_LHW 525-585 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790402.1`	Pfam	`PF14215`	bHLH-MYC_N	Family	5	160	5.4e-35	122.0	bHLH-MYC and R2R3-MYB transcription factors N-terminal
`XP_057790402.1`	Pfam	`PF23176`	bHLH_LHW	Domain	525	585	7.9e-37	125.8	Transcription factor LHW bHLH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934419.1
CAAAAAGGCTCTAGTTTTTCACTCTCACTTTTGCTATATAAGCAGCACAGCCTTTTGAGTTCCAAACGAAAACCGTTTCAGCTCAACAACACGCTGCCCTTTTACAACCGCCACTTTCCCTTAAATTGCAACGAATATGGCACCAATTTCAGCTCTTTTGCGGAGATTCTTCTCTGAGCGCCCAAGTTGAATTCTACTTCAGCGATCGTTAGATGCGTGTACAAAGAATCTGCAGATGGAGTGCTCTTTGTCGTGTATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007265
ATGGCAAGCCAATTGCAACAAGCACTGAGGAGCTTGTGTTTCAACACTGGTTGGAAATATGTGGTTTTTTGGAAGCTCAAGCATCGATCAAGGATGATGTTTACTTGGGAGGATGCCTATTATGAAGGCAACCAATATCCTGACAAGAATTCAACAGCAGGTACTCTGAATGAAGGTTCTTATTCTCATGATCCTTTGGGATTAGCTGTTGCAAAGATGTCATATCAAGTATATTCTCTTGGAGAAGGGGTTGTTGGGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790402.1
MASQLQQALRSLCFNTGWKYVVFWKLKHRSRMMFTWEDAYYEGNQYPDKNSTAGTLNEGSYSHDPLGLAVAKMSYQVYSLGEGVVGHVAVSGKHSWIFSDQHVVDSSFSSEYYGAWQTQFSAGIKTIAVVAVIPHGVVQLGSLHKIAEDVKLVDNIRNVFCNLQDSLAGCIPSSLKNTSLSDTCIRASHPAFRHCLAKVKGSAHGDEVNLWSQLVSPLGEPVSNDHILPPREGFSNKNLKMKMHESAECSISVNDILLPS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器