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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000146`

染色体: Chr01 坐标: 2494935-2498868 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000146`
名称	SmilChr01G000146
描述	tRNA:m(4)X modification enzyme TRM13-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	2494935 - 2498868 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007267`
GeneID	`131007267`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007267`
原始查询	`LOC131007267`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	tRNA:m(4)X modification enzyme TRM13-like
产物	tRNA:m(4)X modification enzyme TRM13-like
Arabidopsis	`AT4G01880` (AT4G01880) methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828223] identity=61.8; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0833200` (OsTRM13) - identity=50; qcov=0.543; evalue=3.38e-72; confidence=medium
GO	GO:0030488 (tRNA methylation); GO:0106050 (GO:0106050)
KEGG	-
Pfam	PF05206 (TRM13); PF05253 (zf-U11-48K); PF11722 (zf-TRM13_CCCH)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007267

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057790403.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057790403.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057790403.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790403.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790403.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:2495476`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B92
`Chr1:2495484`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B33,B98,C14
`Chr1:2495779`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B24,B55,B68,C85
`Chr1:2495979`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53
`Chr1:2497622`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B124
`Chr1:2497799`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr1:2498010`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B101,B138,B71,C48,C60
`Chr1:2498074`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,C32,C39,C68
`Chr1:2498199`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B76
`Chr1:2498327`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,B98

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790403.1

457 aa

228

457

zf-TRM13_CCCH

zf-U11-48K

TRM13

PF11722 zf-TRM13_CCCH 4-30 aa PF05253 zf-U11-48K 38-62 aa PF05206 TRM13 166-456 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790403.1`	Pfam	`PF11722`	zf-TRM13_CCCH	Domain	4	30	7.5e-12	45.4	CCCH zinc finger in TRM13 protein
`XP_057790403.1`	Pfam	`PF05253`	zf-U11-48K	Domain	38	62	1.6e-06	28.6	U11-48K-like CHHC zinc finger
`XP_057790403.1`	Pfam	`PF05206`	TRM13	Family	166	456	1.5e-76	258.1	Methyltransferase TRM13

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934420.1
TAAAAGCGTCTTTCTCTGACTTAGAAAAACAGTTGATGTGTAGGGTTTAAGGCATGGCGACACAGTGCAAATTTTGGCTTCCCAAGAAGAGGAGATTTTGTGCTAACTCCCCTCTCCTTGATTCTCCATTCTGCGGTAACCACACGCAGAGGTCCGATGCGCAGTGGATTCCATGCCCAATCGACCCTTCTCACTCTGTGCTCGAGGAAAATCTCGAGACTCACTTGCATAGATGCCCATTGCTGAAACAAACACAGTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007267
ATGGCGACACAGTGCAAATTTTGGCTTCCCAAGAAGAGGAGATTTTGTGCTAACTCCCCTCTCCTTGATTCTCCATTCTGCGGTAACCACACGCAGAGGTCCGATGCGCAGTGGATTCCATGCCCAATCGACCCTTCTCACTCTGTGCTCGAGGAAAATCTCGAGACTCACTTGCATAGATGCCCATTGCTGAAACAAACACAGTCCCTCTCGCGCCAGCCTTACTATCAAAAGGGCATTAATGCTGGAGATGATGATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790403.1
MATQCKFWLPKKRRFCANSPLLDSPFCGNHTQRSDAQWIPCPIDPSHSVLEENLETHLHRCPLLKQTQSLSRQPYYQKGINAGDDDDEEKEEDSSHRYSTFTSEMKRNAVYSMPLPKFLDLIAKIKSIHASICSTIPDSYRIPEACSIWTNREVDKKLPYKEKHVLQQASILGNLENFGVLRESCSSSGETSEEKDSKRERERDSDVPAVVEFGAGRGYLTQVLADCYGIKKVLLVERKSYKLKADRSLRQKESLVLDRL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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