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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000162

染色体: Chr01 坐标: 2701871-2702522 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000162
名称SmilChr01G000162
描述SUMO-conjugating enzyme SCE1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向2701871 - 2702522 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007278
GeneID131007278
locus_tag-
NCBI NameLOC131007278
原始查询LOC131007278

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述SUMO-conjugating enzyme SCE1-like
产物SUMO-conjugating enzyme SCE1-like
ArabidopsisAT3G57870 (SCE1)
sumo conjugation enzyme 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824956]
identity=78.8; qcov=1; evalue=7.83e-98; confidence=high
RiceOs03g0123100 (OsSce2)
-
identity=82.2; qcov=0.981; evalue=1.16e-100; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0016925 (protein sumoylation); GO:0061656 (SUMO conjugating enzyme activity)
KEGGsmil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00179 (UQ_con)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007278

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790408.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057790408.1
3 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057790408.1
4 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057790408.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790408.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:2701880 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790408.1
160 aa
N
1
80
160
UQ_con
C
PF00179 UQ_con 9-152 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790408.1 Pfam PF00179 UQ_con Domain 9 152 3.4e-46 157.1 Ubiquitin-conjugating enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934425.1
ATAGAGAATGTCAGTGGGCATATCGCAAGCTCGCCTCGCCGAGGAGCGCAAGGCATGGCGCAAGAATCACCCATACGGTTTTGTGGCGCGACCTGAGACTACTTCGGATGGTTCGGTCAATTTGATGGTGTGGCATTGCCTCATCCCTGGTAAATCAAACACGGAGTGGGAGGGCGGCTACTATCCTCTCACGATGCATTTTAGCGAAGACTATCCTAGCAAACCACCCAAGTGCAAGTTCCCTCCGAATTTCTTCCACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007278
ATGTCAGTGGGCATATCGCAAGCTCGCCTCGCCGAGGAGCGCAAGGCATGGCGCAAGAATCACCCATACGGTTTTGTGGCGCGACCTGAGACTACTTCGGATGGTTCGGTCAATTTGATGGTGTGGCATTGCCTCATCCCTGGTAAATCAAACACGGAGTGGGAGGGCGGCTACTATCCTCTCACGATGCATTTTAGCGAAGACTATCCTAGCAAACCACCCAAGTGCAAGTTCCCTCCGAATTTCTTCCACCCTAATAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790408.1
MSVGISQARLAEERKAWRKNHPYGFVARPETTSDGSVNLMVWHCLIPGKSNTEWEGGYYPLTMHFSEDYPSKPPKCKFPPNFFHPNIYPSGTVCLSILSEDSGWRPAITVKQILVGIQDLLDQPNPSDPAQTDGYQLFTQQPEEYKKRVRQQAKKYPSPV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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