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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000176

染色体: Chr01 坐标: 2896673-2900364 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000176
名称SmilChr01G000176
描述uncharacterized SmilChr01G000176
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向2896673 - 2900364 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007283
GeneID131007283
locus_tag-
NCBI NameLOC131007283
原始查询LOC131007283

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0004857 (enzyme inhibitor activity)
KEGG-
PfamPF04043 (PMEI)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007283

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057790412.1
2 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057790412.1
3 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057790412.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790412.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790412.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:2897090 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790412.1
202 aa
N
1
101
202
PMEI
C
PF04043 PMEI 40-171 aa
XP_057790413.1
202 aa
N
1
101
202
PMEI
C
PF04043 PMEI 40-171 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790412.1 Pfam PF04043 PMEI Domain 40 171 1.1e-11 45.8 Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor
XP_057790413.1 Pfam PF04043 PMEI Domain 40 171 1.1e-11 45.8 Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934430.1
AACGAACCCAATATTTTGAGGCAAACCTGTTCTGAAGGAGCAAATTAAATCTCGGTTTCCATCCGTTCATTTTCAACCTAATAGTTTCATACATGAAAAAACACAAATCTATTTTAAGCAAATTCTTGCTTGTCATTTTCGTGATTGAACAGCAGAAAACAGGGGAAGGGGAAAAAAGATTATACGATTTGTAAAGAGGAGTAAAAGCAATCGAAATTTCATGAGCAAAATGTTGTGCAAATCGGTTTTCCTATTGGCAC...
XM_057934429.1
ACCTAATAGTTTCATACATGAAAAAACACAAATCTATTTTAAGCAAATTCTTGCTTGTCATTTTCGTGATTGAACAGCAGAAAACAGGGGAAGGGGAAAAAAGATTATACGATTTGTAAAGAGGAGTAAAAGCAATCGAAATTTCATGAGCAAAATGTTGTGCAAATCGGTTTTCCTATTGGCACTCCTCTTCGGTCTCGTCGCCGCCGCGCGGCCCCAATTCCACCACGGCCAGAAAATATCGAAGCTCTCCGGCGATG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131007283
ATGAGCAAAATGTTGTGCAAATCGGTTTTCCTATTGGCACTCCTCTTCGGTCTCGTCGCCGCCGCGCGGCCCCAATTCCACCACGGCCAGAAAATATCGAAGCTCTCCGGCGATGCTCTGATCCAGGCCGCATGCGACGGCGTTAGCCTCGGCGGCGACGAATCGGAATGCGTATCAACCCTGAAATCTGCCACGCCGGATCAAAAGGCTGATGCTAATGCCCTCGCCCTATTCACCCTCAGGTTCGTAGAAAATCACGC...
LOC131007283
ATGAGCAAAATGTTGTGCAAATCGGTTTTCCTATTGGCACTCCTCTTCGGTCTCGTCGCCGCCGCGCGGCCCCAATTCCACCACGGCCAGAAAATATCGAAGCTCTCCGGCGATGCTCTGATCCAGGCCGCATGCGACGGCGTTAGCCTCGGCGGCGACGAATCGGAATGCGTATCAACCCTGAAATCTGCCACGCCGGATCAAAAGGCTGATGCTAATGCCCTCGCCCTATTCACCCTCAGGTTCGTAGAAAATCACGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057790412.1
MSKMLCKSVFLLALLFGLVAAARPQFHHGQKISKLSGDALIQAACDGVSLGGDESECVSTLKSATPDQKADANALALFTLRFVENHAENITTAIKKISAVPDVGPFLQSALTDCMEQYNSLDDLIEDANDAVSSHSYPDAQKFIMAGFSSVELCDSQLKASNFEEKAENKTGEDVVMARDLTKYVLLHKKLLAATLNILTLD
XP_057790413.1
MSKMLCKSVFLLALLFGLVAAARPQFHHGQKISKLSGDALIQAACDGVSLGGDESECVSTLKSATPDQKADANALALFTLRFVENHAENITTAIKKISAVPDVGPFLQSALTDCMEQYNSLDDLIEDANDAVSSHSYPDAQKFIMAGFSSVELCDSQLKASNFEEKAENKTGEDVVMARDLTKYVLLHKKLLAATLNILTLD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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