当前解析结果
SmilChr01G000194| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000194 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000194 |
| 描述 | protein SEED AND ROOT HAIR PROTECTIVE PROTEIN-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 3351514 - 3353614 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131007297 |
|---|---|
| GeneID | 131007297 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007297 |
| 原始查询 | LOC131007297 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein SEED AND ROOT HAIR PROTECTIVE PROTEIN-like |
| 产物 | protein SEED AND ROOT HAIR PROTECTIVE PROTEIN-like |
| Arabidopsis | AT2G47540 (AT2G47540)Pollen Ole e 1 allergen and extensin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819367] identity=36.7; qcov=1; evalue=4.51e-34; confidence=medium |
| Rice | Os01g0164300- identity=32.4; qcov=0.822; evalue=2.01e-08; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007297 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell wall | 细胞壁 | 0.60000 | XP_057790423.1 |
| 2 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.60000 | XP_057790423.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057790423.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790423.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790423.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:3351683 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B99 |
Chr1:3351736 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B99 |
Chr1:3351744 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A19 |
Chr1:3351794 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B125,B140,B90,B92 |
Chr1:3351941 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B36,C6,C77 |
Chr1:3353396 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:3353504 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,D11 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。