Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000202`

染色体: Chr01 坐标: 3470653-3475023 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000202`
名称	SmilChr01G000202
描述	ethylene response sensor 1-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	3470653 - 3475023 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007303`
GeneID	`131007303`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007303`
原始查询	`LOC131007303`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ethylene response sensor 1-like
产物	ethylene response sensor 1-like
Arabidopsis	`AT2G40940` (ERS1) ethylene response sensor 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818693] identity=70.8; qcov=0.943; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0701700` (OS-ERS1) - identity=71.3; qcov=0.935; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000155 (phosphorelay sensor kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0007165 (signal transduction); GO:0016310 (phosphorylation); GO:0038199 (ethylene receptor activity); GO:0051740 (ethylene binding)
KEGG	smil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00512 (HisKA); PF01590 (GAF); PF02518 (HATPase_c); PF25487 (ETR1_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007303

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057790427.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.60000	`XP_057790427.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057790427.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790427.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790427.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:3470851`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	57	A1,A11,A18,A25,A4,A5,A9,B1,B10,B103,B105,B106,B107,B112,B118,B121,B123,B124,B131,B25,B31,B35,B37,B38,B39,B47,B49,B50,B52,B59,B61,B77,B8,B80,B81,B90,B92,C10,C23,C3,C30,C31,C43,C48,C49,C53,C54,C60,C73,C74,C80,C87,D10,D11,D3,D7,D8
`Chr1:3470853`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	58	A1,A11,A18,A25,A4,A5,A9,B1,B10,B103,B105,B106,B107,B112,B118,B121,B123,B124,B131,B25,B31,B35,B37,B38,B39,B47,B49,B50,B52,B59,B61,B77,B8,B80,B81,B90,B92,C10,C23,C26,C3,C30,C31,C43,C48,C49,C53,C54,C60,C73,C74,C80,C87,D10,D11,D3,D7,D8
`Chr1:3470899`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr1:3471782`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C55
`Chr1:3472009`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99
`Chr1:3472093`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B36,C51,C6,C77
`Chr1:3472803`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr1:3473450`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B82
`Chr1:3473502`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	44	A23,B101,B102,B104,B109,B119,B120,B124,B125,B127,B140,B22,B24,B26,B53,B58,B6,B67,B68,B69,B78,B83,B86,B90,B92,C12,C14,C17,C2,C26,C29,C41,C44,C57,C59,C64,C66,C67,C70,C76,C77,C79,C85,D3
`Chr1:3473504`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	44	A23,B101,B102,B104,B109,B119,B120,B124,B125,B127,B140,B22,B24,B26,B53,B58,B6,B67,B68,B69,B78,B83,B86,B90,B92,C12,C14,C17,C2,C26,C29,C41,C44,C57,C59,C64,C66,C67,C70,C76,C77,C79,C85,D3
`Chr1:3473594`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B138,B55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790427.1

633 aa

316

633

ETR1_N

GAF

HisKA

HATPase_c

PF25487 ETR1_N 17-115 aa PF01590 GAF 158-305 aa PF00512 HisKA 341-406 aa PF02518 HATPase_c 453-583 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790427.1`	Pfam	`PF25487`	ETR1_N	Domain	17	115	1.9e-38	131.8	Ethylene receptor 1-like, N-terminal domain
`XP_057790427.1`	Pfam	`PF01590`	GAF	Domain	158	305	1.8e-14	55.2	GAF domain
`XP_057790427.1`	Pfam	`PF00512`	HisKA	Domain	341	406	1.8e-18	67.1	His Kinase A (phospho-acceptor) domain
`XP_057790427.1`	Pfam	`PF02518`	HATPase_c	Domain	453	583	6.5e-24	85.2	Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934444.1
TTACTTCATCACTTTTTAATGAGCTCAACTCTCACTCCTATTTATGTTCTCCTCAAACGATCCAACCATTTTTCCTTTCCCAGAATGAAACTCCGCAGGATTCGTCCAAGTGAATCAGTCCGCGGAGTGATGTTCTAGGATTCGCGTGATGTGATTTTAATTATAAGGTTCCTCTAATGGAGTCATGCGACTGCGTTGAGAGCCACTGGCCAGCTGATGGAATCCTGGTGAAATATCAATACATATCAGATTTTCTCATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007303
ATGGAGTCATGCGACTGCGTTGAGAGCCACTGGCCAGCTGATGGAATCCTGGTGAAATATCAATACATATCAGATTTTCTCATCGCAATTGCATACTTCTCTATTCCTCTGGAGCTCATTTACTTTGTTCAGAAATCTTCATTCTTTCCATATAGATGGGTGCTGATACAGTTTGGTGCTTTCATCATTCTCTGTGGAGCAACTCATCTAATTAATCTGTGGACATTCACTCTTCACTCGAAAACTGTTGCAGTGGTAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790427.1
MESCDCVESHWPADGILVKYQYISDFLIAIAYFSIPLELIYFVQKSSFFPYRWVLIQFGAFIILCGATHLINLWTFTLHSKTVAVVMTIAKVSTAVVSCVTALMLVHIIPDLLSVKTRESFLKNKAEELDREMGLIIKQEETSRHVRMLTHEIRSTLDRHTILRTTLVELGRTLDLEECALWMPSQRGLNLQLSHTLSNLIPVGSTVPTSLPIVNEVFSRAEAIHIPHTCPLANIKPVPGRYMSPESVAVRVPLLDLSNF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器