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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000203

染色体: Chr01 坐标: 3483309-3484678 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000203
名称SmilChr01G000203
描述uncharacterized SmilChr01G000203
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向3483309 - 3484678 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007304
GeneID131007304
locus_tag-
NCBI NameLOC131007304
原始查询LOC131007304

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述proline-rich spliceosome-associated (PSP) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828253]; symbol=AT4G21660; hit=AT4G21660; species=arabidopsis; confidence=high
产物proline-rich spliceosome-associated (PSP) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828253]; symbol=AT4G21660; hit=AT4G21660; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G21660 (AT4G21660)
proline-rich spliceosome-associated (PSP) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828253]
identity=78.5; qcov=0.699; evalue=3.27e-56; confidence=high
RiceOs02g0827300
-
identity=74.8; qcov=0.72; evalue=5.8e-52; confidence=high
GOGO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0005684 (U2-type spliceosomal complex); GO:0005686 (U2 snRNP); GO:0005689 (U12-type spliceosomal complex); GO:0071011 (precatalytic spliceosome); GO:0071013 (catalytic step 2 spliceosome)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007304

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790428.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057790428.1
3 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057790428.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057790428.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790428.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:3483652 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,B75
Chr1:3483803 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr1:3483810 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr1:3483818 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C43,D8
Chr1:3483850 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr1:3484007 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr1:3484034 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B13,C43,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934445.1
TGGTTAATGGTTATATAATTGGATTGAGCGGCGAATTCAACAATTTGTTTCCTTGTACTGGATTTAGGTATGGTTTCAATAGGCGGCATGAATGATATGGCTTTGATGACTAAAAGAAGGAAGGTGAAGGTACAGTTACTTAAGCTAGCCTAAGATGTTTCAACTTCTTTGATATACTCGTATAATAAACAAAAGTAGATGTAGATGAAATAGATGATAAGTTTTATGGTTGTGTTATTGACCACCTGCACAGCAGCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007304
ATGATAAGTTTTATGGTTGTGTTATTGACCACCTGCACAGCAGCAAAACTTTTTTCCCAATATTCTTGTTTTTGGCTTGATGCACCTTCTTATCCTCATTTAAAAATCCCTGGCCTTAATGCACCAATCCCCGCTGGAGCTAAATTTGGCTATGGGCATGGAGAATGGGGCAAACCACCTGTTGATGAATATGGACGTCCCCTCTATGGAGATGTTTTCGGCTTTGTGCAACAAGAACAGCCCAATTATGAGGAAGAACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790428.1
MISFMVVLLTTCTAAKLFSQYSCFWLDAPSYPHLKIPGLNAPIPAGAKFGYGHGEWGKPPVDEYGRPLYGDVFGFVQQEQPNYEEEPVDKTKHWGDLEEEEEEEEEEEEEEEEEEEQMAEEELEDGIQSVDSLSSTPTGVETPDVIDLRKQQRKEPDRPLYQVASLLDYVFLSTFYACWIIDSFQVQEILPEV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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