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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002080

染色体: Chr01 坐标: 36743335-36746261 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002080
名称SmilChr01G002080
描述uncharacterized SmilChr01G002080
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向36743335 - 36746261 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007371
GeneID131007371
locus_tag-
NCBI NameLOC131007371
原始查询LOC131007371

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述Ulp1 protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832997]; symbol=AT5G28810; hit=AT5G28810; species=arabidopsis; confidence=weak
产物Ulp1 protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832997]; symbol=AT5G28810; hit=AT5G28810; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT5G28810 (AT5G28810)
Ulp1 protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832997]
identity=29.4; qcov=0.146; evalue=1e-08; confidence=weak
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007371

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790447.1
2 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057790447.1
3 Chromosome 染色体 0.60000 XP_057790447.1
4 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057790447.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790447.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:36743379 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B138,C5,C65
Chr1:36743380 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,B77
Chr1:36743381 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,C1
Chr1:36743391 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C25,C5,C65
Chr1:36743889 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 6 A19,B42,B43,B8,B98,C5
Chr1:36743894 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B49,B64,B89,C34
Chr1:36744007 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B71,C26,C79,D2
Chr1:36744024 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,B47
Chr1:36744150 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B53
Chr1:36744150 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr1:36744180 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,B63
Chr1:36744190 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934464.1
ATGGAAGTGAAGGATCTGCGAAAGCGGTTCGTTAACCGCAGTATGGGTAATATTGCCGAGGATTATTTGAGGGTGGGCAATATTCTCGTGGCGTATGATCTCGTCTTCTGTCGGGATTATAAACACGTGCACGATTGGGTGTGGGCACTGGTAGAGGAAGATCAGAAATGGTCGGACTTCCCGTGGGGCTCTTACTCATTCCAGATTTTGTGTCACGGGATGAGTGTGTTGAAGAAGCATCCCAACGAGATTACCGGTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007371
ATGGAAGTGAAGGATCTGCGAAAGCGGTTCGTTAACCGCAGTATGGGTAATATTGCCGAGGATTATTTGAGGGTGGGCAATATTCTCGTGGCGTATGATCTCGTCTTCTGTCGGGATTATAAACACGTGCACGATTGGGTGTGGGCACTGGTAGAGGAAGATCAGAAATGGTCGGACTTCCCGTGGGGCTCTTACTCATTCCAGATTTTGTGTCACGGGATGAGTGTGTTGAAGAAGCATCCCAACGAGATTACCGGTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790447.1
MEVKDLRKRFVNRSMGNIAEDYLRVGNILVAYDLVFCRDYKHVHDWVWALVEEDQKWSDFPWGSYSFQILCHGMSVLKKHPNEITGNRKTYHFYGPIWALQIWSYEAIPRLGRACGMCDTRLQMPRLVNWTTWKSASDFTHFFDAHEAECLRTLESVEEENDSWYLQTLRHPEPFSVRYHPGGKYAGLTEPVVPEPPPPVRPPPVQRSISRAERTREKQPIPVPRSSSRAERAREKQPVPVHVERHRQTYEEPAGSPSKR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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