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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000271

染色体: Chr01 坐标: 5363352-5364131 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000271
名称SmilChr01G000271
描述uncharacterized SmilChr01G000271
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向5363352 - 5364131 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007417
GeneID131007417
locus_tag-
NCBI NameLOC131007417
原始查询LOC131007417

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007417

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790449.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057790449.1
3 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057790449.1
4 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057790449.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790449.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:5363363 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 A22
Chr1:5363363 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 A22
Chr1:5363367 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B6,C67
Chr1:5363427 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B140,B90,B92
Chr1:5363449 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 84 A11,A14,A19,A21,A22,A23,A24,A3,A8,B1,B106,B109,B110,B117,B119,B120,B124,B125,B127,B129,B131,B137,B139,B14,B15,B16,B20,B21,B22,B3,B33,B40,B46,B47,B51,B56,B6,B60,B61,B63,B67,B68,B69,B72,B76,B86,B88,B89,B93,B96,B98,C12,C13,C14,C17,C22,C24,C26,C29,C3,C32,C41,C42,C44,C45,C47,C48,C55,C57,C60,C62,C64,C66,C68,C70,C73,C76,C82,C83,C85,D3,D4,D5,D7
Chr1:5363451 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B19,B27,C37
Chr1:5363468 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B66,B89,C41
Chr1:5363473 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B66
Chr1:5363482 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B19,B27,C37,D10
Chr1:5363486 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B135,C27,C79,C80
Chr1:5363517 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B79,C75
Chr1:5363559 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934466.1
GTATTCTTCGACCATTCAATGGAATTTAGATTGGATGGCTAGATAATCCTACGAATGAATGTTGAACAAATTCACTTTGCAAACACCAGCATGCCCATTTGGGCATTAACAAATGGGGTTGCAGACTTGATAAGAGAATTCAGGCTGGATAACAGAGATGAACTCACTTTCACCCTTGACTTGGAACATGAAATATTTCATGTGACATTGTGCGACTCCAAACAGAACCCAAGAAGATTCAACCGTGGTGCACCAATTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007417
ATGAATGTTGAACAAATTCACTTTGCAAACACCAGCATGCCCATTTGGGCATTAACAAATGGGGTTGCAGACTTGATAAGAGAATTCAGGCTGGATAACAGAGATGAACTCACTTTCACCCTTGACTTGGAACATGAAATATTTCATGTGACATTGTGCGACTCCAAACAGAACCCAAGAAGATTCAACCGTGGTGCACCAATTCCTCCACCAGTTGCTCCACCATTTACTGCACCAGTTGCTCCACCAATTGCTGAACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790449.1
MNVEQIHFANTSMPIWALTNGVADLIREFRLDNRDELTFTLDLEHEIFHVTLCDSKQNPRRFNRGAPIPPPVAPPFTAPVAPPIAEPVAPPPVALALLDPPVAPAPLPPPPEPPLPPQPPNIPRFEFIYNRNTYYKVTVSRPFYNNYLVGLNEVNVQFVGAMAMLPVQIHIRRPISPIVELIKGWKEITRCSNLVRGTRYKAFFDAQRTTILFREI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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