Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000111`

染色体: Chr02 坐标: 1407284-1409535 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000111`
名称	SmilChr02G000111
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	1407284 - 1409535 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007569`
GeneID	`131007569`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007569`
原始查询	`LOC131007569`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
产物	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
Arabidopsis	`AT4G38180` (FRS5) FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974] identity=27.1; qcov=0.935; evalue=2.74e-42; confidence=low
Rice	`Os11g0681300` - identity=25.8; qcov=1; evalue=3.63e-37; confidence=low
GO	GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF10551 (MULE); PF21056 (ZSWIM1-3_RNaseH-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007569

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057790461.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057790461.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790461.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790461.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057790461.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:1407301`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B25
`Chr2:1407301`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B25
`Chr2:1407309`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr2:1407328`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B103,B15
`Chr2:1407330`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B48,B68
`Chr2:1407334`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	9	B120,B28,B30,C11,C32,C38,C51,C68,C69
`Chr2:1407336`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	9	B120,B28,B30,C11,C32,C38,C51,C68,C69
`Chr2:1407407`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B12,B17,B31
`Chr2:1407949`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B5,C46
`Chr2:1407951`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B76,B81
`Chr2:1407972`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A24
`Chr2:1408038`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790461.1

418 aa

209

418

ZSWIM1-3_RNaseH-like

MULE

PF21056 ZSWIM1-3_RNaseH-like 166-275 aa PF10551 MULE 195-279 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790461.1`	Pfam	`PF21056`	ZSWIM1-3_RNaseH-like	Domain	166	275	1.7e-11	44.9	Zinc finger SWIM domain-containing protein 1/3, RNaseH-like domain
`XP_057790461.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	195	279	2.4e-21	76.6	MULE transposase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934478.1
ATGACAAATGAAGTTGAAGGTTGTGCCGATCTTTTTATCCCTTACTGTGATGCTAAGGAAAAACCATTTGAGGGGCAGATTTTCTGTAATCTTCAAGAAGCTGAGAAGTTTTATGAGGATTACGCAAAAGTATGTGGTTTTATTCCTCGCAAGGCTACCATCAACAGAGATGACGATGGAGTTGGAACCTTTAGTGAGGGTCATAACCATAAGATGGTTACTGAAAGCAGTCGTCATTTTATGTCGAGCAATAGGCAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007569
ATGACAAATGAAGTTGAAGGTTGTGCCGATCTTTTTATCCCTTACTGTGATGCTAAGGAAAAACCATTTGAGGGGCAGATTTTCTGTAATCTTCAAGAAGCTGAGAAGTTTTATGAGGATTACGCAAAAGTATGTGGTTTTATTCCTCGCAAGGCTACCATCAACAGAGATGACGATGGAGTTGGAACCTTTAGTGAGGGTCATAACCATAAGATGGTTACTGAAAGCAGTCGTCATTTTATGTCGAGCAATAGGCAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790461.1
MTNEVEGCADLFIPYCDAKEKPFEGQIFCNLQEAEKFYEDYAKVCGFIPRKATINRDDDGVGTFSEGHNHKMVTESSRHFMSSNRQVDEVHQFFIHAGIKANIGPTKTFRIFKEIVGGYDKVGCTSIDFKNYGRDLKVYVAGLDAHMLLETFKDRKELCDGFQYFYDVDEEKQLRRLIWTDKQAVINFKNFGQAVSFDATYNTNRYKMIFTPFTGRDNHGKCVSFGAAIISHEDMDSYAWVLSKFTECVGNAPRVFMTDQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器