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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000698

染色体: Chr02 坐标: 11114974-11119188 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000698
名称SmilChr02G000698
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向11114974 - 11119188 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007576
GeneID131007576
locus_tag-
NCBI NameLOC131007576
原始查询LOC131007576

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=34.7; qcov=1.06; evalue=0; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=38.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0009755 (hormone-mediated signaling pathway)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007576

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057790466.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790466.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790466.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790466.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790466.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:11115236 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A13
Chr2:11115353 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,C61
Chr2:11115382 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,B103,B28
Chr2:11115393 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B17,B18,C41,D8
Chr2:11115699 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B40,C78,D5
Chr2:11115735 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,B89
Chr2:11115748 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr2:11115795 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:11115803 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr2:11115843 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B135,B18,C70
Chr2:11115844 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19
Chr2:11115869 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790466.1
1158 aa
N
1
579
1158
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 30-70 aa PF00560 LRR_1 100-121 aa PF00560 LRR_1 147-169 aa PF13855 LRR_8 147-206 aa PF00560 LRR_1 171-193 aa PF00560 LRR_1 195-216 aa PF00560 LRR_1 246-266 aa PF23598 LRR_14 269-449 aa PF00560 LRR_1 292-314 aa PF00560 LRR_1 340-362 aa PF00560 LRR_1 365-384 aa PF00560 LRR_1 389-410 aa PF00560 LRR_1 439-460 aa PF00560 LRR_1 517-539 aa PF00560 LRR_1 614-635 aa PF00560 LRR_1 638-660 aa PF00560 LRR_1 663-684 aa PF00560 LRR_1 735-756 aa PF00069 Pkinase 877-1147 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 880-1148 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790466.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 30 70 8.2e-11 42.7 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057790466.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 100 121 1.6e-66 206.4 Leucine Rich Repeat
XP_057790466.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 147 169 1.6e-66 206.4 Leucine Rich Repeat
XP_057790466.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 147 206 1.6e-49 166.2 Leucine rich repeat
XP_057790466.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 171 193 1.6e-66 206.4 Leucine Rich Repeat
XP_057790466.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 195 216 1.6e-66 206.4 Leucine Rich Repeat
XP_057790466.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 246 266 1.6e-66 206.4 Leucine Rich Repeat
XP_057790466.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 269 449 5.1e-51 174.2 Leucine-rich repeat region
XP_057790466.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 292 314 1.6e-66 206.4 Leucine Rich Repeat
XP_057790466.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 340 362 1.6e-66 206.4 Leucine Rich Repeat
XP_057790466.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 365 384 1.6e-66 206.4 Leucine Rich Repeat
XP_057790466.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 389 410 1.6e-66 206.4 Leucine Rich Repeat
XP_057790466.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 439 460 1.6e-66 206.4 Leucine Rich Repeat
XP_057790466.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 517 539 1.6e-66 206.4 Leucine Rich Repeat
XP_057790466.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 614 635 1.6e-66 206.4 Leucine Rich Repeat
XP_057790466.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 638 660 1.6e-66 206.4 Leucine Rich Repeat
XP_057790466.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 663 684 1.6e-66 206.4 Leucine Rich Repeat
XP_057790466.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 735 756 1.6e-66 206.4 Leucine Rich Repeat
XP_057790466.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 877 1147 1e-43 150.3 Protein kinase domain
XP_057790466.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 880 1148 7.2e-42 144.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934483.1
TGTATCAATATTTCTTAATTCATATATTACGTCATAGATAATAATAATGTAACAATACAAACTCAATTCGTTGATTATTATCGAACACACAATCTTCAGCTTTATTCCTGTTAGACTTCTATCCTAAAAAATAAACAAAAAAAAAAAGCAAAAAATGCTGACTTCACCAACACTCAGCAACTATATATTTACATTACGAGTGGCATTACTAGGAACACGCATCATATTAACACCCCCATTCTACACCCGCAGCCATGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007576
ATGAAGAAAACTTGCTATGTTCAAATTTTTGCATCTGTAGTAGTTGTATTACTAACCTCATGCAGAGCCAAAACATCTACCAACCTTGCCACAGATCAATCCGCACTTCTCTCCCTAAAAGCTCACATCATCTCAGACCCTCATCTCACAATCACTAGAAACTGGACCAATTCAACCTCCGTTTGCAGTTGGATTGGCGTCACATGCAACACGCGCCACCACAGAGTCGCCTCGTTGAATATATCCGACATGGGCCTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790466.1
MKKTCYVQIFASVVVVLLTSCRAKTSTNLATDQSALLSLKAHIISDPHLTITRNWTNSTSVCSWIGVTCNTRHHRVASLNISDMGLSGSIPPELGNLSFLVSLDLRRNNFSGALPHELSRLRRLKFISLFVNNFRGAIPSWLPLLSKLEYLSLRNNSFVGSIPKSISNLTNLYYLDFSFNSLEGIIPQEFGRLQKLQFLRIQYNHLSGVIPSALFNISTLRILAFTKNRLSGNLPNDLCTNLPFIEGLYLGNNQLSGQIP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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