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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004494

染色体: Chr02 坐标: 67447570-67449097 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004494
名称SmilChr02G004494
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g80550, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向67447570 - 67449097 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007583
GeneID131007583
locus_tag-
NCBI NameLOC131007583
原始查询LOC131007583

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g80550, mitochondrial
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g80550%2C mitochondrial
ArabidopsisAT1G80550 (AT1G80550)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844394]
identity=60.3; qcov=0.852; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0643700
-
identity=50.6; qcov=0.883; evalue=8.63e-151; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007583

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057790469.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790469.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790469.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790469.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790469.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:67447884 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24
Chr2:67447967 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B71,D6,D8
Chr2:67448094 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 6 B104,B42,B53,B65,B71,C86
Chr2:67448162 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,A3
Chr2:67448829 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11
Chr2:67448914 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr2:67448917 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr2:67448927 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,A3
Chr2:67448935 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr2:67449000 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,B98
Chr2:67449078 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24
Chr2:67449090 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,A3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790469.1
479 aa
N
1
240
479
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR_long
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
PPR
C
PF01535 PPR 178-199 aa PF13041 PPR_2 220-263 aa PF01535 PPR 223-252 aa PF13812 PPR_3 245-302 aa PF01535 PPR 258-287 aa PF13041 PPR_2 268-301 aa PF17177 PPR_long 268-399 aa PF13812 PPR_3 278-336 aa PF13041 PPR_2 290-337 aa PF01535 PPR 292-322 aa PF13812 PPR_3 312-365 aa PF12854 PPR_1 321-352 aa PF13041 PPR_2 324-371 aa PF01535 PPR 327-357 aa PF01535 PPR 395-424 aa PF01535 PPR 430-458 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790469.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 178 199 3.1e-36 121.8 PPR repeat
XP_057790469.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 220 263 2.5e-52 175.5 PPR repeat family
XP_057790469.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 223 252 3.1e-36 121.8 PPR repeat
XP_057790469.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 245 302 1.3e-28 99.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057790469.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 258 287 3.1e-36 121.8 PPR repeat
XP_057790469.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 268 301 2.5e-52 175.5 PPR repeat family
XP_057790469.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 268 399 6.5e-12 46.0 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057790469.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 278 336 1.3e-28 99.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057790469.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 290 337 2.5e-52 175.5 PPR repeat family
XP_057790469.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 292 322 3.1e-36 121.8 PPR repeat
XP_057790469.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 312 365 1.3e-28 99.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057790469.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 321 352 5.1e-30 103.6 PPR repeat
XP_057790469.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 324 371 2.5e-52 175.5 PPR repeat family
XP_057790469.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 327 357 3.1e-36 121.8 PPR repeat
XP_057790469.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 395 424 3.1e-36 121.8 PPR repeat
XP_057790469.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 430 458 3.1e-36 121.8 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934486.1
ATGCTTCCTTCAATCATCTCCAAATTCCACCATTTTCGCTCACACCGCTCTATTCTTCTCTCGAAGCTTCAAATTCTCCTCTTGTATCATACTTCTCCGCACTCAAATGTTCAATTTCCTCCCAGAGCGACCTCGCACCCCTCTCAAAACCACCACCCCACACCCAGCTTCCTAGTCAACCCGGCTCCGACCCACTTCGAAAAATCGAATTTTGAACCGGAAACGGTTGTCGAAACTCTCAATTCGTACGCCAATGACTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007583
ATGCTTCCTTCAATCATCTCCAAATTCCACCATTTTCGCTCACACCGCTCTATTCTTCTCTCGAAGCTTCAAATTCTCCTCTTGTATCATACTTCTCCGCACTCAAATGTTCAATTTCCTCCCAGAGCGACCTCGCACCCCTCTCAAAACCACCACCCCACACCCAGCTTCCTAGTCAACCCGGCTCCGACCCACTTCGAAAAATCGAATTTTGAACCGGAAACGGTTGTCGAAACTCTCAATTCGTACGCCAATGACTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790469.1
MLPSIISKFHHFRSHRSILLSKLQILLLYHTSPHSNVQFPPRATSHPSQNHHPTPSFLVNPAPTHFEKSNFEPETVVETLNSYANDWKLALEFYNWVETECGFQHTAHTLNRIVDILGKFFEYEIAWNLIERKRINGCCLPDHTTFRVLFKRYVSAHLVKEAIDAFVRSNDYNLRDEISFSNLIDALCEYKHVIEAEELCFKKSWGDQFGQDLLCFNVENTKIYNIILRGWFKMQWWKKCREFWEEMDKRGVEKDMYSYS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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