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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000148`

染色体: Chr02 坐标: 1980440-1981591 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000148`
名称	SmilChr02G000148
描述	putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	1980440 - 1981591 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007591`
GeneID	`131007591`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007591`
原始查询	`LOC131007591`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
产物	putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700%2C mitochondrial
Arabidopsis	`AT1G62910` (AT1G62910) Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842592] identity=29.5; qcov=0.992; evalue=3.37e-27; confidence=low
Rice	`Os03g0597200` (YSA) - identity=27.3; qcov=1.11; evalue=4.28e-24; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007591

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	0.80000	`XP_057790481.1`
2	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057790481.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057790481.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790481.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790481.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:1980460`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B101,B32,B51,B88,C3
`Chr2:1980521`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B56,B93,B96,D10,D11
`Chr2:1980581`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B95,C14
`Chr2:1980599`	`A`	`AAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	4	B125,C22,C29,C72
`Chr2:1980599`	`A`	`AAT`	2bp_insertion	CDS_variant	4	B125,C22,C29,C72
`Chr2:1980604`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	13	A23,A25,B118,B130,B138,B40,B61,B62,B63,C23,C34,C71,C80
`Chr2:1980607`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	9	B101,B125,B32,B51,B88,C22,C29,C3,C72
`Chr2:1980609`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr2:1980610`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B101,B32,B51,B88,C3
`Chr2:1980612`	`G`	`GT`	1bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	2	C23,C71
`Chr2:1980612`	`G`	`GT`	1bp_insertion	CDS_variant	2	C23,C71
`Chr2:1980619`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	85	A10,A18,A20,A25,A3,A7,A8,B101,B104,B105,B108,B11,B110,B111,B114,B115,B12,B122,B125,B13,B130,B131,B132,B133,B135,B137,B138,B16,B17,B18,B19,B21,B24,B3,B36,B37,B41,B43,B46,B47,B50,B57,B59,B61,B64,B67,B71,B73,B74,B76,B83,B84,B88,B9,B97,B98,C15,C17,C18,C19,C2,C21,C34,C35,C36,C4,C43,C45,C50,C51,C52,C56,C58,C61,C62,C7,C72,C77,C81,C85,C86,D1,D11,D7,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790481.1

243 aa

122

243

PPR_2

PPR_3

PPR_1

PPR_2

PPR

PPR_3

PPR_2

PPR_1

PPR_2

PPR

PF13041 PPR_2 1-32 aa PF13812 PPR_3 7-60 aa PF12854 PPR_1 14-46 aa PF13041 PPR_2 18-61 aa PF01535 PPR 21-50 aa PF13812 PPR_3 105-161 aa PF13041 PPR_2 120-165 aa PF12854 PPR_1 148-178 aa PF13041 PPR_2 151-184 aa PF01535 PPR 154-184 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790481.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	1	32	2.9e-46	156.1	PPR repeat family
`XP_057790481.1`	Pfam	`PF13812`	PPR_3	Repeat	7	60	2.1e-17	63.7	Pentatricopeptide repeat domain
`XP_057790481.1`	Pfam	`PF12854`	PPR_1	Repeat	14	46	5.3e-27	94.0	PPR repeat
`XP_057790481.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	18	61	2.9e-46	156.1	PPR repeat family
`XP_057790481.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	21	50	1.1e-20	73.0	PPR repeat
`XP_057790481.1`	Pfam	`PF13812`	PPR_3	Repeat	105	161	2.1e-17	63.7	Pentatricopeptide repeat domain
`XP_057790481.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	120	165	2.9e-46	156.1	PPR repeat family
`XP_057790481.1`	Pfam	`PF12854`	PPR_1	Repeat	148	178	5.3e-27	94.0	PPR repeat
`XP_057790481.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	151	184	2.9e-46	156.1	PPR repeat family
`XP_057790481.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	154	184	1.1e-20	73.0	PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934498.1
ATGGACGGTGCTCTCCAACTCTTCTCCTCTTTGGGTGATAAGGAGATTTCACCTGATGTTGTGACATATAATTCAATAATTGATGGGTTGTGCAATATGAGAAGAATGGATGAGGCTAAAGACATTTTGAAGAAGATGATTGCTAATGATGTCTGCCCAAATGTGTGGACGTGTAGTATCTTGTGGATGCTTGGTGCAGAGATGGAAATGTGGAAGAGGCTGAGCATATTGATGCTTGTGAATTTTGGAATCAAGTCTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007591
ATGGACGGTGCTCTCCAACTCTTCTCCTCTTTGGGTGATAAGGAGATTTCACCTGATGTTGTGACATATAATTCAATAATTGATGGGTTGTGCAATATGAGAAGAATGGATGAGGCTAAAGACATTTTGAAGAAGATGATTGCTAATGATGTCTGCCCAAATGTGTGGACGTGTAGTATCTTGTGGATGCTTGGTGCAGAGATGGAAATGTGGAAGAGGCTGAGCATATTGATGCTTGTGAATTTTGGAATCAAGTCTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790481.1
MDGALQLFSSLGDKEISPDVVTYNSIIDGLCNMRRMDEAKDILKKMIANDVCPNVWTCSILWMLGAEMEMWKRLSILMLVNFGIKSNIISYKFLDEWECEDDLKLCKEMEALQVSAHIMTSSILLDGLYRAHCIAEAFFMLHTMEDKDIIPNIVTYNILIEGLCNDNKVKEAKDLFNELLSKGLLKRNKMHDALPMLEEMDSRGFTLDKIAYSMLIEHVQREGRDIVLFDKVKKLVPKDFNSS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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