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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002131

染色体: Chr01 坐标: 37306206-37310302 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002131
名称SmilChr01G002131
描述uncharacterized SmilChr01G002131
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向37306206 - 37310302 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007596
GeneID131007596
locus_tag-
NCBI NameLOC131007596
原始查询LOC131007596

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007596

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790487.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790487.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790487.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790487.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057790487.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:37306525 ATG A 2bp_deletion frameshift_variant 40 A8,B103,B112,B113,B125,B126,B130,B15,B3,B32,B41,B42,B43,B44,B50,B53,B62,B66,B70,B73,B76,B85,B86,B87,B88,B94,C14,C15,C16,C17,C26,C35,C41,C44,C46,C6,C63,C67,C83,C87
Chr1:37306570 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 15 A18,A2,B106,B114,B17,B32,B62,C18,C23,C30,C38,C39,C47,C75,C76
Chr1:37306575 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,B139
Chr1:37306602 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:37306731 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 2 A22,B67
Chr1:37306731 TA T 1bp_deletion CDS_variant 2 A22,B67
Chr1:37306753 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,A5,B58
Chr1:37306760 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,A5,B58
Chr1:37306769 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr1:37306804 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B114,C39,C47
Chr1:37306814 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B94,C12,D3
Chr1:37306840 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B94,C12,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934504.1
GGCCCATCGGGCCGGGTCGATTTTGACATCTCTAACAACAAGTATGAACCGTTTATCTTAGCCCACCAAGCTATCCAAGTGTATTATTGTCCATATCCGAGTTTAAAACAGTCTACTAATGACTGGTGGGAAGTTTGCAAAATTAAAGCTAGATCTAATGTGGAAGTCTCAGATCAATCATCTAGCTTAATAGTACCTCCACCATTTCAAGAGGATGAGTTGCCTTCAATTACAAATCTAATTATGGATGATGACACAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007596
ATGATGATGATGATGATGATGATGATGAGTTGTCCGAGCAAGAAGATAATGATAATTCGAGTGATTCTGATTACGACGATGTTGATTAGGATGGCTAATAGAGGACGAAGTGGAGCTGCAGTTAGTCGGATGACTGAGCCTCCACATTCATCATCATCAGATGGTGGTGACATTAGCGCGTCGGTGGGAGATTTATCATTAGGTGGAGGAGAGGCTGGCTCAAGTAGCGAGACATCACTATCTAGGGCTGGGATGAAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790487.1
MMMMMMMMMSCPSKKIMIIRVILITTMLIRMANRGRSGAAVSRMTEPPHSSSSDGGDISASVGDLSLGGGEAGSSSETSLSRAGMKELTIVKGILCPSHDVSHLITESFQRVINHHGFCWKLVSDEQKKEYFKDFKKFFYWTGLSEEVVYKHCYTRARDRYRHLIHKIKRCRNNEQQPPFIPERDWSSWKEYWGRDDVKAKAEKTRRNRISEPYGVGTGIIKHRGGSICALDYAMEMMKVNERIETLSQLVPGTNKVPEV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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