Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000175

染色体: Chr02 坐标: 2225029-2226402 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000175
名称SmilChr02G000175
描述phenolic glucoside malonyltransferase 1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向2225029 - 2226402 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007598
GeneID131007598
locus_tag-
NCBI NameLOC131007598
原始查询LOC131007598

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phenolic glucoside malonyltransferase 1-like
产物phenolic glucoside malonyltransferase 1-like
ArabidopsisAT5G39090 (AT5G39090)
HXXXD-type acyl-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833901]
identity=34.8; qcov=0.987; evalue=1.13e-75; confidence=low
RiceOs07g0414000
-
identity=33.8; qcov=1.05; evalue=8.99e-57; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF02458 (Transferase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007598

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057790486.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057790486.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790486.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790486.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790486.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:2225295 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,B91
Chr2:2225319 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B122,B130
Chr2:2225334 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,C1
Chr2:2225343 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B79,C15
Chr2:2225413 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,C16
Chr2:2225425 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B117,B135,B20,D2
Chr2:2225445 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:2225464 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr2:2225472 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr2:2225490 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B54,C39,C43
Chr2:2225491 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B5,B54
Chr2:2225493 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,A24,B113

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790486.1
457 aa
N
1
228
457
Transferase
C
PF02458 Transferase 9-447 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790486.1 Pfam PF02458 Transferase Family 9 447 2.6e-46 158.9 Transferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934503.1
ATGGCTACCAAACTCGATCACTGCAAAATCCTCCCTTCTTCTCCAAACCACAACGCTCAAGAACTCACTCTCCCTCTCACACATTTCGACATCCCATTCCTTCAATCCGATCCCGACCAAACCCTAATTTTCTTCGATTTCCAATGCTCCGAGCCTCAATTCCTCGACACAATCCTCCCCGGCCTAAAAAATTCCCTCTCCGCTACCCTCACACACTTCCTCCCCCTAGCCGGAAACATTCTCCTCCCTGCCGGAAACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007598
ATGGCTACCAAACTCGATCACTGCAAAATCCTCCCTTCTTCTCCAAACCACAACGCTCAAGAACTCACTCTCCCTCTCACACATTTCGACATCCCATTCCTTCAATCCGATCCCGACCAAACCCTAATTTTCTTCGATTTCCAATGCTCCGAGCCTCAATTCCTCGACACAATCCTCCCCGGCCTAAAAAATTCCCTCTCCGCTACCCTCACACACTTCCTCCCCCTAGCCGGAAACATTCTCCTCCCTGCCGGAAACTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790486.1
MATKLDHCKILPSSPNHNAQELTLPLTHFDIPFLQSDPDQTLIFFDFQCSEPQFLDTILPGLKNSLSATLTHFLPLAGNILLPAGNSSMPVIRYLSGDSVSLTVARSDQNLSYLTANHPRAADEFYPCVPHLPPVTSSSAAAVFPAVALQITLFPQQGICIGVAYYHAAGDASSIVNFIKSWAFVNKFGEEFYLKYGELVPVLDRTLVQDPDRLDSKAWNLVKDSRVLPVEMESTALPTNKVRSTFLLTQNQVRNLKNYV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器