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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002254`

染色体: Chr02 坐标: 39973829-39983623 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002254`
名称	SmilChr02G002254
描述	RNA polymerase II C-terminal domain phosphatase-like 1
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	39973829 - 39983623 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007601`
GeneID	`131007601`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007601`
原始查询	`LOC131007601`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RNA polymerase II C-terminal domain phosphatase-like 1
产物	RNA polymerase II C-terminal domain phosphatase-like 1
Arabidopsis	`AT4G21670` (CPL1) C-terminal domain phosphatase-like 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828254] identity=54.6; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0639000` (LMS) - identity=53.7; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0008420 (RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00035 (dsrm); PF03031 (NIF); PF28898 (SPOC_CPL1_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007601

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057790491.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057790491.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057790491.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057790491.1`
5	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057790491.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:39974540`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B26
`Chr2:39975349`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C86
`Chr2:39978966`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C86
`Chr2:39980688`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B93,C15
`Chr2:39980697`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C53
`Chr2:39980697`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C53
`Chr2:39981572`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B48
`Chr2:39983000`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr2:39983025`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B130,B32,B54,C81
`Chr2:39983081`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B130,B32,B54,C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790491.1

949 aa

474

949

SPOC_CPL1_2

NIF

dsrm

PF28898 SPOC_CPL1_2 6-122 aa PF03031 NIF 246-361 aa PF00035 dsrm 708-761 aa PF00035 dsrm 832-895 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790491.1`	Pfam	`PF28898`	SPOC_CPL1_2	Domain	6	122	2.2e-43	147.9	CPL1/2 SPOC domain
`XP_057790491.1`	Pfam	`PF03031`	NIF	Family	246	361	3.6e-10	40.5	NLI interacting factor-like phosphatase
`XP_057790491.1`	Pfam	`PF00035`	dsrm	Domain	708	761	1.4e-11	45.5	Double-stranded RNA binding motif
`XP_057790491.1`	Pfam	`PF00035`	dsrm	Domain	832	895	1.4e-11	45.5	Double-stranded RNA binding motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934508.1
ACCCTGTAAAAGGGGCGAACCCAACAAAATAAGCGATAAAGAGAGAGAGAGAGCAGCTGCCACCCTCTATAAACTTTTCGAATCTAGGGTTTTCTTCAGAGTCGTCACGCACAGTCCTACACCTAAAATCTCAAAATCTGATCTAAATTTCACAAAATCTGGAATTCAACCATCATCACAGGCCAAAAATCGTCGTCCAAATCTTGATCTGAAAACCCTAACATTTCAGTTATTCCTTCTCACCGCCGATTTCTTTACCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007601
ATGTATGGAAAAGTGGTGGTGGTGTATGAAGGGGAGAGATTGCTGGGAGAGGCAGAGTTGCAGCTGCAAGACGGCGGCGCCGGATTGTTTAAGGCGGAGGAGATTCGGGAGATTCGCGTCTCCCATTTCTCGCCGCCGAGTGAGCGGTGTCCGCCACTCGCCGTGCTACATACCGTAAACTCCGCCGGAATATGCTTCAAATTGGAATCTACAGCCAAGAATGTGGAATCGCCGCTTTCTGTTATGCACGCCACCTGCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790491.1
MYGKVVVVYEGERLLGEAELQLQDGGAGLFKAEEIREIRVSHFSPPSERCPPLAVLHTVNSAGICFKLESTAKNVESPLSVMHATCLRQNKTAVASIGREEIHLVAMHSRNYGQTPCFWGFNVASSLYNSCLAMLNLRCLGIVFDLDETLIVANTLRSFEDRIDSLQRKINCETDPQRIASMLAEVKRYQDDKYILKQYAESDQVIDNGKVIRSESEVVLALSDKQQTIVRPLIRLQDRNIVLTRINPLIRDTSVLVRLR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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