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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004504

染色体: Chr02 坐标: 67569498-67573393 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004504
名称SmilChr02G004504
描述probable receptor-like protein kinase At1g80640
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向67569498 - 67573393 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007603
GeneID131007603
locus_tag-
NCBI NameLOC131007603
原始查询LOC131007603

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable receptor-like protein kinase At1g80640
产物probable receptor-like protein kinase At1g80640
ArabidopsisAT2G25220 (AT2G25220)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817060]
identity=63.5; qcov=0.845; evalue=2.08e-163; confidence=high
RiceOs05g0319700
-
identity=62.2; qcov=0.833; evalue=5.02e-165; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007603

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057790492.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790492.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790492.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790492.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790492.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:67570681 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr2:67571027 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr2:67571567 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr2:67571576 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B37,D10
Chr2:67571774 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B115,C40,C45,C83
Chr2:67571775 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr2:67572521 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C17,C8
Chr2:67572662 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr2:67572735 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B112,B81,B9,C54,C86
Chr2:67572743 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,B98
Chr2:67572759 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 13 B101,B105,B107,B123,B134,B25,B36,B4,B50,B59,C34,C9,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790492.1
445 aa
N
1
222
445
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 154-358 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 156-363 aa
XP_057790493.1
444 aa
N
1
222
444
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 154-419 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 156-388 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790492.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 154 358 6.3e-45 154.3 Protein kinase domain
XP_057790492.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 156 363 2.4e-46 158.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057790493.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 154 419 1.5e-45 156.4 Protein kinase domain
XP_057790493.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 156 388 5e-47 161.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934509.1
GTTTTTTGAATGAACTCCCCATCTCTACTTAAAGCTATGTTTGAAACAGCTAAACAAGAGGGAAAATAAATTTGGACCCCACTAACCTCTCTCTCTCTCACACATCTTGCCTCCATTTTCTTTTCTTTCTCACTCCAACACCATCGAACAGAACGTGACCTTCTTTAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAGGGGTTCACACCTTTAATAACTGCCACATGATTTGTAGTGCAATTGGCAGCAGTGTTTCTTTTCCT...
XM_057934510.1
GAATGAACTCCCCATCTCTACTTAAAGCTATGTTTGAAACAGCTAAACAAGAGGGAAAATAAATTTGGACCCCACTAACCTCTCTCTCTCTCACACATCTTGCCTCCATTTTCTTTTCTTTCTCACTCCAACACCATCGAACAGAACGTGACCTTCTTTAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAGGGGTTCACACCTTTAATAACTGCCACATGATTTGTAGTGCAATTGGCAGCAGTGTTTCTTTTCCTGGGCAGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131007603
ATGAATCTTTTGTTTTTGTTGCTGCTATCAATTTGGGTTTTTAGTTTTCCTACGCTCTCTGTTCCACTCGATGTGAAGCCCGACCCTCCTGCTGCTGACCCAGTTATTCCCACTGAAAAAGACCCCTTTTTTAAGAATTCTTCTGATCTGGGAGCTCATTCTCCAGAAGTTGCAGAAGTGAATCTAGTGCACCACCAGGATTTAAACAAGAAAATCCTTGTCGCCCTCGTTGTCTCCTCATCTCTTCTTGGTGTGATATT...
LOC131007603
ATGAATCTTTTGTTTTTGTTGCTGCTATCAATTTGGGTTTTTAGTTTTCCTACGCTCTCTGTTCCACTCGATGTGAAGCCCGACCCTCCTGCTGCTGACCCAGTTATTCCCACTGAAAAAGACCCCTTTTTTAAGAATTCTTCTGATCTGGGAGCTCATTCTCCAGAAGTTGCAGAAGTGAATCTAGTGCACCACCAGGATTTAAACAAGAAAATCCTTGTCGCCCTCGTTGTCTCCTCATCTCTTCTTGGTGTGATATT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057790492.1
MNLLFLLLLSIWVFSFPTLSVPLDVKPDPPAADPVIPTEKDPFFKNSSDLGAHSPEVAEVNLVHHQDLNKKILVALVVSSSLLGVILLLLSCFWIFRLRKKSNAKSHQNSDAANGISFGPILDKFPSMRIGGKKGSIAAIEYQLLVTATNNFDEANILGEGGLGRVYKAHFNDHFHAAVKKIYAGGLEAEREFENEVESLSKIQHQNIVSLLGYCIHGEARFLVYEMMENGSLELHLHGPNKSRLTWHLRMKIALDVARG...
XP_057790493.1
MNLLFLLLLSIWVFSFPTLSVPLDVKPDPPAADPVIPTEKDPFFKNSSDLGAHSPEVAEVNLVHHQDLNKKILVALVVSSSLLGVILLLLSCFWIFRLRKKSNAKSHQNSDAANGISFGPILDKFPSMRIGGKKGSIAAIEYQLLVTATNNFDEANILGEGGLGRVYKAHFNDHFHAAVKKIYAGGLEAEREFENEVESLSKIQHQNIVSLLGYCIHGEARFLVYEMMENGSLELHLHGPNKSRLTWHLRMKIALDVARG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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