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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004508

染色体: Chr02 坐标: 67606873-67625971 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004508
名称SmilChr02G004508
描述nuclear pore complex protein NUP96
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向67606873 - 67625971 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007607
GeneID131007607
locus_tag-
NCBI NameLOC131007607
原始查询LOC131007607

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nuclear pore complex protein NUP96
产物nuclear pore complex protein NUP96
ArabidopsisAT1G80680 (SAR3)
SUPPRESSOR OF AUXIN RESISTANCE 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844407]
identity=59.4; qcov=0.987; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0172000 (MOS3/SAR3)
-
identity=55; qcov=0.971; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005643 (nuclear pore); GO:0006913 (nucleocytoplasmic transport); GO:0017056 (structural constituent of nuclear pore)
KEGGsmil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF04096 (Nucleoporin2); PF12110 (Nup96)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007607

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790498.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.60000 XP_057790498.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057790498.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057790498.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790498.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:67620251 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr2:67620942 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr2:67621385 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B139,D1
Chr2:67621639 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B82,B86,D4
Chr2:67621659 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr2:67621718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr2:67622051 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr2:67622441 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr2:67622498 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr2:67622564 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B72,C86
Chr2:67623848 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B136,B56,B96,C20
Chr2:67623938 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790498.1
1046 aa
N
1
523
1046
Nucleoporin2
Nup96
C
PF04096 Nucleoporin2 50-191 aa PF12110 Nup96 580-860 aa
XP_057790499.1
1046 aa
N
1
523
1046
Nucleoporin2
Nup96
C
PF04096 Nucleoporin2 50-191 aa PF12110 Nup96 580-860 aa
XP_057790500.1
1046 aa
N
1
523
1046
Nucleoporin2
Nup96
C
PF04096 Nucleoporin2 50-191 aa PF12110 Nup96 580-860 aa
XP_057790501.1
1046 aa
N
1
523
1046
Nucleoporin2
Nup96
C
PF04096 Nucleoporin2 50-191 aa PF12110 Nup96 580-860 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790498.1 Pfam PF04096 Nucleoporin2 Domain 50 191 3.5e-38 131.8 Nup98-96 autopeptidase S59
XP_057790498.1 Pfam PF12110 Nup96 Domain 580 860 7.7e-78 262.2 Nuclear protein 96
XP_057790499.1 Pfam PF04096 Nucleoporin2 Domain 50 191 3.5e-38 131.8 Nup98-96 autopeptidase S59
XP_057790499.1 Pfam PF12110 Nup96 Domain 580 860 7.7e-78 262.2 Nuclear protein 96
XP_057790500.1 Pfam PF04096 Nucleoporin2 Domain 50 191 3.5e-38 131.8 Nup98-96 autopeptidase S59
XP_057790500.1 Pfam PF12110 Nup96 Domain 580 860 7.7e-78 262.2 Nuclear protein 96
XP_057790501.1 Pfam PF04096 Nucleoporin2 Domain 50 191 3.5e-38 131.8 Nup98-96 autopeptidase S59
XP_057790501.1 Pfam PF12110 Nup96 Domain 580 860 7.7e-78 262.2 Nuclear protein 96

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934517.1
AGCGATTCGCGTAAAACAATTGAGTAGATGTCGAGGTTTCGTGGATTATGGCAAGCTTCGGTTAATGCAACTAAAAGAGTGTTGATCGTGTGTTCATCTTGCTAACTTGACTAGCCTGTGCTGTAATCAGTGGCTTGGAGCATAGTATGAAGGATTGCAGGCTCTGCTGAAATTCTTTTGAGCTAAAATATGGAAGTAAATCTAGCTCTGCTAAAGCCTACTTCAATTCATGAGTCTCAGTACAAACGAAGAAGAGTTTC...
XM_057934515.1
AGCGATTCGCGTAAAACAATTGAGTAGATGTCGAGGTTTCGTGGATTATGGCAAGCTTCGGTTAATGCAACTAAAAGAGTGGCTTGGAGCATAGTATGAAGGATTGCAGGCTCTGCTGAAATTCTTTTGAGCTAAAATATGGAAGTAAATCTAGCTCTGCTAAAGCCTACTTCAATTCATGAGTCTCAGTACAAACGAAGAAGAGTTTCTTTGAATGGTGCAGCTACTTCTCTTTCCTGTCAGTTATTGCATGATGCTGA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131007607
ATGGAAGTAAATCTAGCTCTGCTAAAGCCTACTTCAATTCATGAGTCTCAGTACAAACGAAGAAGAGTTTCTTTGAATGGTGCAGCTACTTCTCTTTCCTGTCAGTTATTGCATGATGCTGAAAATTCTTTACCAACACTCCATTGTTCTGATTACTATACAAAACCATGCATAAGTGAGTTGGCTATACGTGAGTTCTCAAACCCTGGTTATTGCAGCAGAGTTGAAGATTTTGTAATTGGAAGGGTTGGTTATGGATG...
LOC131007607
ATGGAAGTAAATCTAGCTCTGCTAAAGCCTACTTCAATTCATGAGTCTCAGTACAAACGAAGAAGAGTTTCTTTGAATGGTGCAGCTACTTCTCTTTCCTGTCAGTTATTGCATGATGCTGAAAATTCTTTACCAACACTCCATTGTTCTGATTACTATACAAAACCATGCATAAGTGAGTTGGCTATACGTGAGTTCTCAAACCCTGGTTATTGCAGCAGAGTTGAAGATTTTGTAATTGGAAGGGTTGGTTATGGATG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057790498.1
MEVNLALLKPTSIHESQYKRRRVSLNGAATSLSCQLLHDAENSLPTLHCSDYYTKPCISELAIREFSNPGYCSRVEDFVIGRVGYGCVKFIGETDVRCLDLDSIVKFRRCEIVIYEDDSSKPLVGHGLNKPAEVTLLLQTKPLGHLNEAELKKVVEKLKCKAESQGARFISFNPVNREWKFSVQHFSRFGLGEEDEDDVPMDDVSPGDQDAEGMNGSEVSDDKDNASEYQTLLSHSLPAHLGLDPDRMKDLRMLLFPTKE...
XP_057790499.1
MEVNLALLKPTSIHESQYKRRRVSLNGAATSLSCQLLHDAENSLPTLHCSDYYTKPCISELAIREFSNPGYCSRVEDFVIGRVGYGCVKFIGETDVRCLDLDSIVKFRRCEIVIYEDDSSKPLVGHGLNKPAEVTLLLQTKPLGHLNEAELKKVVEKLKCKAESQGARFISFNPVNREWKFSVQHFSRFGLGEEDEDDVPMDDVSPGDQDAEGMNGSEVSDDKDNASEYQTLLSHSLPAHLGLDPDRMKDLRMLLFPTKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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