当前解析结果
SmilChr02G001387| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001387 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001387 |
| 描述 | calcium-binding protein KRP1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 26364027 - 26364518 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131007629 |
|---|---|
| GeneID | 131007629 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007629 |
| 原始查询 | LOC131007629 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | calcium-binding protein KRP1-like |
| 产物 | calcium-binding protein KRP1-like |
| Arabidopsis | AT4G27280 (AT4G27280)Calcium-binding EF-hand family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828836] identity=69.4; qcov=0.915; evalue=3.95e-49; confidence=medium |
| Rice | Os06g0683400 (OsCCD1)- identity=61.5; qcov=0.881; evalue=4.56e-41; confidence=medium |
| GO | GO:0005509 (calcium ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF13833 (EF-hand_8) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007629 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057790522.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057790522.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057790522.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790522.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790522.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:26364179 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B14 |
Chr2:26364404 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B42,B43,C50 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790522.1PF13833
EF-hand_8 37-89 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790522.1 |
Pfam | PF13833 |
EF-hand_8 | Domain | 37 | 89 | 1.1e-19 | 70.7 | EF-hand domain pair |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。