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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001387

染色体: Chr02 坐标: 26364027-26364518 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001387
名称SmilChr02G001387
描述calcium-binding protein KRP1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向26364027 - 26364518 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007629
GeneID131007629
locus_tag-
NCBI NameLOC131007629
原始查询LOC131007629

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述calcium-binding protein KRP1-like
产物calcium-binding protein KRP1-like
ArabidopsisAT4G27280 (AT4G27280)
Calcium-binding EF-hand family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828836]
identity=69.4; qcov=0.915; evalue=3.95e-49; confidence=medium
RiceOs06g0683400 (OsCCD1)
-
identity=61.5; qcov=0.881; evalue=4.56e-41; confidence=medium
GOGO:0005509 (calcium ion binding)
KEGG-
PfamPF13833 (EF-hand_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007629

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057790522.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057790522.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790522.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790522.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790522.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:26364179 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr2:26364404 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B42,B43,C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790522.1
118 aa
N
1
59
118
EF-hand_8
C
PF13833 EF-hand_8 37-89 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790522.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 37 89 1.1e-19 70.7 EF-hand domain pair

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934539.1
ATGGATCAACCAAATTTCCAAGATTTCTTGCCGCTGATGGCGGAGAAGCTAGGCGGCGACGGACTGCTTGGGGAACTGTGCAATGGGTTCCGATTATTGATGGACTCCGAAAAGGGGGTCATCACATTTGAGAGTTTGAAGAAGAATTCTGGTTTCTTGGGGCTCCAGGAATTGTCGGATGATGATCTTTACAGCATGCTTAAAGAAGGGGATTTCGACGGAGATGGCGCCTTGAATCAGATGGAATTTTGTGTTTTGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007629
ATGGATCAACCAAATTTCCAAGATTTCTTGCCGCTGATGGCGGAGAAGCTAGGCGGCGACGGACTGCTTGGGGAACTGTGCAATGGGTTCCGATTATTGATGGACTCCGAAAAGGGGGTCATCACATTTGAGAGTTTGAAGAAGAATTCTGGTTTCTTGGGGCTCCAGGAATTGTCGGATGATGATCTTTACAGCATGCTTAAAGAAGGGGATTTCGACGGAGATGGCGCCTTGAATCAGATGGAATTTTGTGTTTTGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790522.1
MDQPNFQDFLPLMAEKLGGDGLLGELCNGFRLLMDSEKGVITFESLKKNSGFLGLQELSDDDLYSMLKEGDFDGDGALNQMEFCVLMFRLSPELMDQSQLLLEEALEQEGFQDLNFCL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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