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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002150

染色体: Chr01 坐标: 37491074-37491916 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002150
名称SmilChr01G002150
描述glutathione S-transferase T2-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向37491074 - 37491916 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007642
GeneID131007642
locus_tag-
NCBI NameLOC131007642
原始查询LOC131007642

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutathione S-transferase T2-like
产物glutathione S-transferase T2-like
ArabidopsisAT3G47680 (AT3G47680)
DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823922]
identity=28.3; qcov=0.404; evalue=8.21e-11; confidence=low
RiceOs09g0241700
-
identity=26.3; qcov=0.489; evalue=1.69e-08; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007642

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790544.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790544.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790544.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790544.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057790544.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:37491092 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C18,C75
Chr1:37491104 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C18,C75
Chr1:37491207 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B126
Chr1:37491239 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,C15
Chr1:37491265 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr1:37491276 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B86
Chr1:37491284 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B86
Chr1:37491302 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B105,B45
Chr1:37491302 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B45
Chr1:37491339 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B104
Chr1:37491339 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B104
Chr1:37491341 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B81,C21,C7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934561.1
ATGAATTCAGAGTTCTCGCATAATCCAACTGATTCTCCTATTTCTGAATATCACCAAACCTCTGAAAATTTTTCTGCAAATCCTTCCAACAGTGCTCAAAGTTGGACTGATATAGAAGATATATCACTAATGTCTATTTGGTGCTTTGTCAATAACAATCCAATTGTTGGCACTAACCGAAATAGTAAGTCGTTTTGGAAAACTGTTGCAGATATGTATGAGCAAAGTCGAGCAGATAATCCAGAAATTGGAGGTCGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007642
ATGAATTCAGAGTTCTCGCATAATCCAACTGATTCTCCTATTTCTGAATATCACCAAACCTCTGAAAATTTTTCTGCAAATCCTTCCAACAGTGCTCAAAGTTGGACTGATATAGAAGATATATCACTAATGTCTATTTGGTGCTTTGTCAATAACAATCCAATTGTTGGCACTAACCGAAATAGTAAGTCGTTTTGGAAAACTGTTGCAGATATGTATGAGCAAAGTCGAGCAGATAATCCAGAAATTGGAGGTCGAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790544.1
MNSEFSHNPTDSPISEYHQTSENFSANPSNSAQSWTDIEDISLMSIWCFVNNNPIVGTNRNSKSFWKTVADMYEQSRADNPEIGGRRSVESLRNRYKRLNKNVTLWVAAYKKAYERRTSGQSKEDIEKTAQTIYGKPTFTHHEVFEKVMSSYPNWELKLDSTGFVRRSHPDDEDSVDESRNSSKKSRTNEDVDPPSDSTPETPGSDASKFHRPIGWDKAKAKAKRKGKQTESQSSIVSNAFTAELCEMRITREKEMKTST...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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