当前解析结果
SmilChr02G001449| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001449 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001449 |
| 描述 | G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-1 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 27179273 - 27181728 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131007693 |
|---|---|
| GeneID | 131007693 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007693 |
| 原始查询 | LOC131007693 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-1 |
| 产物 | G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-1 |
| Arabidopsis | AT4G27300 (AT4G27300)S-locus lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828838] identity=60.8; qcov=1; evalue=1e-129; confidence=high |
| Rice | Os03g0556600- identity=58.8; qcov=1.01; evalue=2.44e-129; confidence=high |
| GO | GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007693 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057790608.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057790608.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057790608.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790608.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790608.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:27180488 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D4 |
Chr2:27180677 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B107,B26,D3 |
Chr2:27180895 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A20,B137,B33,B79,C36 |
Chr2:27181366 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C33 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790608.1PF07714
PK_Tyr_Ser-Thr 9-276 aa
PF00069
Pkinase 10-210 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790608.1 |
Pfam | PF07714 |
PK_Tyr_Ser-Thr | Domain | 9 | 276 | 4.1e-44 | 151.5 | Protein tyrosine and serine/threonine kinase |
XP_057790608.1 |
Pfam | PF00069 |
Pkinase | Domain | 10 | 210 | 1.1e-44 | 153.5 | Protein kinase domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。