当前解析结果
SmilChr02G001494| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001494 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001494 |
| 描述 | cysteine-rich receptor-like protein kinase 8 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 27886473 - 27887296 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131007704 |
|---|---|
| GeneID | 131007704 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007704 |
| 原始查询 | LOC131007704 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cysteine-rich receptor-like protein kinase 8 |
| 产物 | cysteine-rich receptor-like protein kinase 8 |
| Arabidopsis | AT4G23160 (CRK8)cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415] identity=50; qcov=0.867; evalue=6.11e-40; confidence=medium |
| Rice | Os01g0784700- identity=48; qcov=1.08; evalue=1.2e-39; confidence=medium |
| GO | GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007704 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057790620.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057790620.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057790620.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790620.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790620.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:27886642 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C12,C22,C54 |
Chr2:27886693 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | A21 |
Chr2:27886693 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | A21 |
Chr2:27886719 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B129,B91 |
Chr2:27886800 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr2:27886973 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B108 |
Chr2:27886973 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B108 |
Chr2:27886987 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B125,B45,C42,C82 |
Chr2:27887056 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A13,C47,C8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790620.1PF07714
PK_Tyr_Ser-Thr 1-102 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790620.1 |
Pfam | PF07714 |
PK_Tyr_Ser-Thr | Domain | 1 | 102 | 3e-06 | 27.5 | Protein tyrosine and serine/threonine kinase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。