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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004468

染色体: Chr02 坐标: 67090285-67092071 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004468
名称SmilChr02G004468
描述protein JINGUBANG-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向67090285 - 67092071 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007753
GeneID131007753
locus_tag-
NCBI NameLOC131007753
原始查询LOC131007753

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein JINGUBANG-like
产物protein JINGUBANG-like
ArabidopsisAT3G50390 (AT3G50390)
Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824203]
identity=41.1; qcov=0.787; evalue=3.28e-79; confidence=medium
RiceOs01g0232200 (OsWD40-10)
-
identity=46.8; qcov=0.816; evalue=1.29e-113; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00400 (WD40)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007753

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057790639.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057790639.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790639.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790639.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790639.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:67090551 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B121,B94,B98,C39,C80
Chr2:67090635 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,B137
Chr2:67090705 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,C86
Chr2:67090730 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 A20
Chr2:67090730 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 A20
Chr2:67090807 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B108
Chr2:67090807 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B108
Chr2:67090941 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B75,C69
Chr2:67090942 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C18,C46
Chr2:67090977 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B96
Chr2:67091055 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 25 A10,A8,B100,B103,B111,B120,B15,B22,B23,B33,B35,B37,B54,B57,B64,B74,B87,C16,C31,C49,C65,C66,C68,C71,D5
Chr2:67091316 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B4,B98,C7,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790639.1
445 aa
N
1
222
445
WD40
WD40
WD40
WD40
WD40
WD40
C
PF00400 WD40 126-156 aa PF00400 WD40 187-216 aa PF00400 WD40 222-258 aa PF00400 WD40 272-306 aa PF00400 WD40 320-350 aa PF00400 WD40 360-402 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790639.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 126 156 1.9e-36 123.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057790639.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 187 216 1.9e-36 123.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057790639.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 222 258 1.9e-36 123.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057790639.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 272 306 1.9e-36 123.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057790639.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 320 350 1.9e-36 123.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057790639.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 360 402 1.9e-36 123.7 WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934656.1
TGTATAATTTTAATAATAGTGTAATAATTATTTATAAAGAGAATGATGAACAATCAATGGTATCCAAAAGGTTAAAGAGAAAGCTCGCAAATTTACTTGTCCATCTTTTGAGAAAGAAAAGGAAAAACAAAAAACTTGTTGATATCTCACAACCTCAAAGCAAAAGAAATGCATGTTTCATAGCTCTTTTTGTTGCAGAACATGGAGCTCTACTCCGAAGACAATCTATGGCAATTCGTGGACGAAGAGAGGAAAAACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007753
ATGGAGCTCTACTCCGAAGACAATCTATGGCAATTCGTGGACGAAGAGAGGAAAAACATAAACCTCCCAAGAAGATTCTCCTTCGGCGGCAACAACAACACCGATTTCCCAGATTCCCACCTCTCCTCCGCCCGAACCTCCTGCGCCTCCGCCGCCTCTCTCCCCCTCTGGAAAATGAGCCCCGAGACCCCATGGACTCGCTCCCCGCTGCCGTCGTCGCCCTCACCGCCGCTCCTCTACCACTGCCTCGCCTCCCTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790639.1
MELYSEDNLWQFVDEERKNINLPRRFSFGGNNNTDFPDSHLSSARTSCASAASLPLWKMSPETPWTRSPLPSSPSPPLLYHCLASLHRSEGDIFSITVTNDFIFTGSASCRIHAWKQPDCTETVCLKASTGQVRAILASGKLLITTHGDCRIRLWDLSLIQHLRPKKIATMPGRRSLFSYYTKQKIQHKNTISCLAYNNVEKLLYTGSYDHTVKVWKLSERRCVDSFVAHEGHVNAVVINEDDGCVFTCSSDGTVKIWRR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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